1. Ulusal Beyin Görüntüleme Analizleri Kongresi
Beyin Görüntülemede Yapay Zeka Destekli Analizler ve Yenilikçi Nörogörüntüleme Teknikleri
Düzenleyen Kurum / Birim: Maltepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı
Düzenleyen / Editörler: Prof. Dr. Niyazi ACER; Dr. Öğr. Üyesi Deniz AY; Arş. Gör. Hilmi İNCİ
Yayın Yeri ve Tarihi: İstanbul, Haziran 2026
Kitapçığın gerekli hallerde revizyon hakkı Kongre Düzenleme Kurulu’na aittir.
Sunuş
Değerli katılımcılar,
Maltepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı olarak, 5-7 Haziran 2026 tarihleri arasında Maltepe Üniversitesi İletişim Fakültesi Süha Arın Konferans Salonu’nda düzenlenen 1. Ulusal Beyin Görüntüleme Analizleri Kongresi’nde sizleri ağırlamaktan büyük mutluluk duyduk.
“Beyin Görüntülemede Yapay Zeka Destekli Analizler ve Yenilikçi Nörogörüntüleme Teknikleri” temasıyla gerçekleştirilen kongremiz; anatomi, nörobilim, radyoloji, mühendislik, yapay zeka, görüntüleme teknolojileri ve ilgili alanlarda çalışan araştırmacıları, akademisyenleri ve öğrencileri bir araya getirmeyi amaçlamıştır.
Kongrede sunulan bildiriler, beyin görüntüleme analizleri alanındaki güncel yaklaşımların paylaşılmasına, disiplinler arası iş birliklerinin geliştirilmesine ve genç araştırmacıların bilimsel üretimlerinin görünür kılınmasına katkı sağlamıştır.
Bu bilimsel organizasyonun gerçekleşmesine katkı sunan davetli konuşmacılarımıza, bilim ve düzenleme kurullarımıza, destek veren kurumlara ve değerli katılımcılarımıza içtenlikle teşekkür ederiz.
Saygılarımızla,
Kongre Düzenleme Kurulu
Açılış Konuşması
Saygıdeğer hocalarımız, kıymetli bilim insanları, değerli katılımcılar ve sevgili öğrenciler;
Ulusal Beyin Görüntüleme Analizleri Kongresi’ne hepiniz hoş geldiniz.
Bugün burada, nörogörüntüleme alanında ülkemizde giderek güçlenen bilimsel birikimi ortak bir platformda buluşturmanın heyecanı ve gururu içerisindeyiz. Beyin, insanlığın en karmaşık ve en az çözülebilmiş yapılarından biri olmaya devam ederken; görüntüleme teknolojilerindeki ilerlemeler ve yapay zeka tabanlı analiz yöntemleri, bu karmaşık yapıyı anlamada bizlere daha önce hiç olmadığı kadar güçlü araçlar sunmaktadır.
Manyetik rezonans görüntüleme, fonksiyonel ve yapısal bağlantı analizleri, hacimsel ölçümler ve makine öğrenmesi temelli sınıflandırma yaklaşımları; artık yalnızca araştırma alanının değil, aynı zamanda klinik pratiğin de vazgeçilmez bileşenleri haline gelmiştir. Bu dönüşüm, farklı disiplinlerin ortak çalışmasını zorunlu kılmakta; nöroloji, psikiyatri, beyin cerrahisi, radyoloji, biyomedikal mühendislik, bilgisayar bilimleri ve temel tıp alanlarını aynı çatı altında buluşturmaktadır.
UBGA 2026’nın temel amacı da tam olarak budur:
Disiplinler arası etkileşimi artırmak, güncel bilimsel gelişmeleri paylaşmak ve ülkemizde beyin görüntüleme analizleri alanında yenilikçi bir vizyon oluşturmak.
Bu kongrede gerçekleştirilecek kurslar, paneller, sözlü bildiri oturumları ile birlikte; yapay zeka destekli görüntüleme tekniklerinden ileri MR analizlerine kadar geniş bir yelpazede bilimsel içerik paylaşılacaktır. Ayrıca alanında uzman ulusal ve uluslararası konuşmacıların katkılarıyla, hem teorik hem de uygulamalı düzeyde zengin bir program sizleri beklemektedir.
Bu bilimsel ortamın oluşmasında emeği geçen tüm düzenleme kurulu üyelerine, bilim kuruluna, konuşmacılarımıza ve katkı sunan tüm araştırmacılara içten teşekkürlerimi sunuyorum.
Kongremizin, yeni iş birliklerine kapı aralamasını, genç araştırmacılar için ilham verici olmasını ve beyin görüntüleme alanında yeni ufuklar açmasını diliyorum.
Hepinize verimli, bilim dolu ve keyifli bir kongre süreci temenni ediyorum.
Teşekkür ederim.
Prof. Dr. Niyazi ACER
Kurullar
Düzenleme Kurulu
| Ad Soyad | Kurum / Birim |
|---|---|
| Prof. Dr. Niyazi ACER | Sanko Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, Gaziantep |
| Doç. Dr. Seher YILMAZ | Yozgat Bozok Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, Yozgat |
| Doç. Dr. Ayşe Çağlar SARILAR | Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Nöroloji Anabilim Dalı, Kayseri |
| Doç. Dr. Sefa IŞIKLAR | Bursa Uludağ Üniversitesi, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Tıbbi Görüntüleme Teknikleri Programı, Bursa |
| Doç. Dr. Nihal GÜRLEK ÇELİK | Amasya Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, Amasya |
| Dr. Öğr. Üyesi Deniz AY | Maltepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul |
| Dr. Öğr. Üyesi Özgür PALANCI | Gümüşhane Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Halk Sağlığı Hemşireliği Anabilim Dalı, Gümüşhane |
| Dr. Öğr. Üyesi Mustafa TAŞTAN | Kapadokya Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Yüksekokulu, Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Programı, Nevşehir |
| Dr. Öğr. Üyesi Abdullah KURTOĞLU | Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Çorlu Mühendislik Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı, Tekirdağ |
| Dr. Öğr. Üyesi Erdal KURTOĞLU | Kastamonu Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği Anabilim Dalı, Kastamonu |
| Dr. Öğr. Üyesi Dilara PATAT | Ankara Medipol Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Dr. Öğr. Üyesi Hatice YENİGÜL | İstanbul Arel Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul |
| Öğr. Gör. Özge COŞKUN SAĞLAM | İstanbul Bilgi Üniversitesi, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Tıbbi Görüntüleme Teknikleri Programı, İstanbul |
| Arş. Gör. Cansu KİBAR KARAGÖZ | İstanbul Arel Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul |
| Arş. Gör. Hilmi İNCİ | Maltepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul |
Bilim Kurulu
| Ad Soyad | Kurum / Birim |
|---|---|
| Prof. Dr. Adem YILMAZ | Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Beyin ve Sinir Cerrahisi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Ahmet SINAV | İstanbul Galata Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Diş Hekimliği Programı |
| Prof. Dr. Mustafa Ayberk KURT | Yeditepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Ayhan DÜZLER | Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Veterinerlik Anatomisi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Canan YURTTAŞ | Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Ertuğrul EŞEL | Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Esat ADIGÜZEL | Pamukkale Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Fazile Cantürk TAN | Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyofizik Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Feyzullah BEYAZ | Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyofizik Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Figen GÖVSA | Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Gamze TANRIÖVER | Akdeniz Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. İlkay KOŞAR | Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Kaan YÜCEL | İzmir Demokrasi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Mehmet TURGUT | Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Beyin ve Sinir Cerrahisi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Meltem BAHÇELİOĞLU | Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Murat GÜLTEKİN | Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Nöroloji Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Recep ERÖZ | Aksaray Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Mehmet DEMİR | Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Nurcan DURSUN | Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Fizyoloji Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Meryem ÇAM | İstanbul Arel Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Mehmet CINCIK | Maltepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Semra İÇER | Erciyes Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Suat ÖKTEM | |
| Prof. Dr. Tolga ERTEKİN | Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Yıldız DOĞANAY | |
| Prof. Dr. Yelda PINAR | Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Yüksel AYDAR | Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Zeliha FAZLIOĞULLARI | Selçuk Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
| Prof. Dr. Zülal EKİNCİOĞLU ÖNER | İzmir Bakırçay Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı |
Kongre Genel Programı
06 Haziran 2026, Cumartesi
| Saat | Etkinlik | Ayrıntılar |
|---|---|---|
| 09.30-10.00 | Kayıt ve Açılış Konuşmaları | |
| 10.00-10.50 | Konferans 1 | Moderatör: Prof. Dr. Niyazi ACER Konuşmacı: Prof. Dr. Hidayet AKDEMİR Konu: Arnold Chiari Malformasyonları, BOS Dinamiği ve Görüntülemenin Önemi |
| 10.50-11.10 | Kahve Arası | Fuaye Alanı |
| 11.10-12.40 | Panel 1 | Yapay Zeka ve Gelecekte Sağlık Alanındaki Etkileri Moderatörler: Prof. Dr. Adem YILMAZ; Doç. Dr. Seher YILMAZ Panelistler: Doç. Dr. Rıfat KURBAN (Çevrimiçi); Doç. Dr. Serdar BABACAN; Dr. Öğr. Üyesi Abdullah KURTOĞLU |
| 12.40-13.40 | Öğle Yemeği | |
| 13.40-14.55 | 1. Oturum | S1-S5 Sözlü Bildiriler Oturum Başkanları: Dr. Öğr. Üyesi Erdal KURTOĞLU; Dr. Öğr. Üyesi Abdullah KURTOĞLU |
| 14.55-15.15 | Kahve Arası | Fuaye Alanı |
| 15.15-16.45 | Panel 2 | Yapay Zeka ile MR Görüntü Analizi Moderatör: Doç. Dr. Sefa IŞIKLAR Panelistler: Prof. Dr. Niyazi ACER; Dr. Hayreddin Said ÜNSAL (Çevrimiçi); Dr. Öğr. Üyesi Abdullah KURTOĞLU |
| 16.45-17.05 | Kahve Arası | Fuaye Alanı |
07 Haziran 2026, Pazar
| Saat | Etkinlik | Ayrıntılar |
|---|---|---|
| 10.00-10.40 | Konferans 3 | Moderatör: Dr. Öğr. Üyesi Özgür PALANCI Konuşmacı: Doç. Dr. Ayşe Çağlar SARILAR (Çevrimiçi) Konu: Elektrofizyolojik Görüntüleme ve Nöromodülasyon: Teori, Uygulama ve Klinik Perspektifler |
| 10.40-11.00 | Kahve Arası | Fuaye Alanı |
| 11.00-12.30 | Panel 3 | Görüntüleme Teknikleri ve Analizleri Moderatör: Prof. Dr. Necla ÖZTÜRK Panelistler: Prof. Dr. Niyazi ACER; Doç. Dr. Sefa IŞIKLAR |
| 12.30-13.30 | Öğle Yemeği | |
| 13.30-15.00 | 2. Oturum | S6-S11 Sözlü Bildiriler Oturum Başkanları: Dr. Öğr. Üyesi Mustafa TAŞTAN; Dr. Öğr. Üyesi Deniz AY |
| 15.00-15.20 | Kahve Arası | Fuaye Alanı |
| 15.20-16.10 | Konferans 4 | Moderatör: Prof. Dr. Niyazi ACER Konuşmacı: Doç. Dr. Ahmet Turan ILICA (Çevrimiçi) Konu: Beyin Kanserlerinde MR, BT Görüntüleme ve Morfometrinin Önemi |
| 16.10 | Kapanış Töreni |
Konferans Özetleri / Conference Abstracts
Arnold Chiari Malformasyonu: Tarihsel ve Güncel Beyin Görüntülemeleri
1891 yılında patolog Hans Chiari tarafından tanımlanan Chiari malformasyonu (CM), anatomik bir posterior fossa anomalisidir. Öncelikle Hans Chiari, daha sonra Julius Arnold’un isimleriyle anılan bu kompleks anomalinin temel özelliği, posterior fossada yer alan serebellar tonsillerin ve/veya beyin sapı elemanlarının foramen magnum yoluyla üst servikal kanal içerisine uzanmasıdır.
Hans Chiari’nin orijinal tarihsel tanımlamasında, hidrosefali sonrası serebellar yapıların uzanımı temel alınarak hastalık dört farklı alt tipte; Tip 1, Tip 2, Tip 3 ve Tip 4 olarak sınıflandırılmıştır. 1999 ve 2004 yıllarında Iskandar ve Tubbs tarafından tanımlanan Tip 0, Tip 1.5, Tip 3.5 ve kompleks formlar ise güncel klinik sınıflandırmalarda kullanılmaya başlanmıştır.
Beyin görüntülemelerinde 1937 ve 1939 yıllarından itibaren Chamberlain, McGregor ve McRae hatları gibi X-ışını temelli ölçüm yaklaşımları radyolojik değerlendirmelerde kullanılmıştır. Günümüzde manyetik rezonans görüntüleme, bilgisayarlı tomografi ve volümetrik beyin görüntüleme testleri güncel tanısal yöntemler arasında yer almaktadır. Özellikle MRG ile posterior fossanın volümetrik niceliksel analizleri, küçük posterior fossanın saptanmasında önemli bir biyobelirteç olarak değerlendirilmektedir.
Modern beyin görüntüleme yöntemleri, primer ve nüks Chiari malformasyonlarının doğru tanımlanmasına büyük katkı sağlamıştır. Bu teknolojik gelişmeler, hastalığın tanısında doğruluğu artırırken cerrahi tedavide mortalite ve morbidite oranlarının azaltılmasına da olumlu katkılar sunmuştur.
1891 yılında otopsi ile tanı konulan bu kompleks anomalinin günümüzde klinik bilgiler ve güncel radyolojik teknolojilerle değerlendirilmesi; alt tiplerin doğru tanımlanmasına, tanı ve ayırıcı tanıya, ayrıca cerrahi tedavide minimal invaziv yaklaşımların gelişimine katkı sağlamaktadır.
Chiari malformation (CM), first described in 1891 by the pathologist Hans Chiari, is an anatomical posterior fossa anomaly. The fundamental feature of this complex anomaly, which is associated with the names of Hans Chiari and later Julius Arnold, is the downward displacement of the cerebellar tonsils and/or brainstem structures from the posterior fossa through the foramen magnum into the upper cervical canal.
In Chiari’s original historical description, the disease was classified into four subtypes, Types 1, 2, 3, and 4, based on the extension of cerebellar structures following hydrocephalus. In 1999 and 2004, the additional contemporary subtypes described by Iskandar and Tubbs, including Type 0, Type 1.5, Type 3.5, and complex forms, entered clinical use.
In brain imaging, X-ray-based measurements such as the Chamberlain, McGregor, and McRae lines have historically been used in radiological assessment since 1937 and 1939. Today, magnetic resonance imaging, computed tomography, and volumetric brain imaging tests are among current diagnostic techniques. In particular, MRI-based quantitative volumetric analysis of the posterior fossa is considered an important biomarker for the detection of a small posterior fossa.
Modern brain imaging techniques have made major contributions to the accurate identification of both primary and recurrent Chiari malformations. These technological advances have improved diagnostic accuracy and have also contributed positively to reducing mortality and morbidity rates in surgical treatment.
This complex anomaly, which was diagnosed by autopsy in 1891, can now be evaluated with clinical knowledge and current radiological technologies. These advances contribute to the correct definition of disease subtypes, diagnosis and differential diagnosis, and the development and use of contemporary minimally invasive approaches in surgical treatment.
Elektronörofizyolojik Görüntüleme ve Nöromodülasyon: Teori, Metodoloji ve Klinik Araştırma Standartları
Elektronörofizyolojik görüntüleme, dokuların anatomik resmini sunmak yerine hücresel düzeydeki fonksiyonel hareketliliği haritalandırır. EEG, kortikal postsinaptik potansiyelleri yüksek zamansal çözünürlükle kaydederek epilepsi odaklarının tespiti, uyku analizleri, enfeksiyon/tümör takibi ve beyin ölümünün yasal kanıtlanmasında kullanılır.
EMG, periferik sinir sistemi hastalıklarında altın standart tanısal yöntemlerden biridir. ALS/SMA gibi ön boynuz hastalıkları, radikülopati, CIDP, karpal tünel sendromu, Myastenia Gravis ve miyopatilerin fizyolojik analizini sağlar. Küçük lif nöropatisinde rutin EMG’nin normal olabileceği göz önünde bulundurulmalıdır.
Nöromodülasyon, sinir sistemi işlevlerinin uyaranlarla değiştirilmesi işlemidir. Başarısı; homeostatik sinaptik plastisite, uyarılabilirlik dengesi ve yapısal yeniden şekillenme gibi nöroplastisite mekanizmalarına bağlıdır. TMS, tES ve TUS gibi non-invaziv yöntemlerin optimizasyonunda kafatası kalınlığı, atrofi, anlık beyin durumu, katılımcı seçimi ve sham uygulamalara bağlı körleme sorunları önemli metodolojik engeller oluşturmaktadır. Dirençli olgularda DBS, VNS ve SCS gibi invaziv cerrahi sistemler tercih edilebilmektedir.
2035 vizyonunda, herkese uyan tek beden yaklaşımının terk edilerek kişiselleştirilmiş ağ odaklı tedavilere geçilmesi öngörülmektedir. EMG’nin beyin-bilgisayar arayüzlerinde ve kapalı döngü sistemlerde gerçek zamanlı adaptif geri bildirim biyobelirteci olması beklenmektedir. Akışkan verilerin yorumlanmasında derin öğrenme algoritmaları devreye girecek; ancak bu gelişmeler cihazların hacklenme riski, nöro-geliştirme kaynaklı sosyal eşitsizlikler ve regülasyon/maliyet yönetimi gibi biyoetik sorunları da beraberinde getirecektir.
Electroneurophysiological imaging maps functional activity at the cellular level rather than providing an anatomical picture of tissues. EEG records cortical postsynaptic potentials with high temporal resolution and is used for the detection of epileptic foci, sleep analyses, infection/tumor follow-up, and the legal confirmation of brain death.
EMG is one of the gold-standard diagnostic methods for peripheral nervous system disorders. It enables the physiological analysis of anterior horn diseases such as ALS/SMA, radiculopathy, CIDP, carpal tunnel syndrome, Myasthenia Gravis, and myopathies. It should be noted that routine EMG may be normal in small fiber neuropathy.
Neuromodulation is the process of altering nervous system functions through stimulation. Its success depends on neuroplasticity mechanisms such as homeostatic synaptic plasticity, excitability balance, and structural remodeling. In the optimization of non-invasive methods such as TMS, tES, and TUS, skull thickness, atrophy, instantaneous brain state, participant selection, and blinding problems associated with sham procedures constitute important methodological barriers. In resistant cases, invasive surgical systems such as DBS, VNS, and SCS may be preferred.
The 2035 vision anticipates abandoning the one-size-fits-all approach and moving toward personalized network-based therapies. EMG is expected to become a real-time adaptive feedback biomarker in brain-computer interfaces and closed-loop systems. Deep learning algorithms will be used to interpret dynamic data; however, this leap will also bring serious bioethical challenges, including the risk of device hacking, social inequalities arising from neuroenhancement, and issues related to regulation and cost management.
Beyin Tümörlerinde MR Görüntüleme Teknikleri
Beyin tümörlerinin tanısal değerlendirmesi, derecelendirilmesi, ayırıcı tanısı ve tedavi sonrası izleminde manyetik rezonans görüntüleme merkezi bir role sahiptir. Konvansiyonel MR sekansları lezyonun anatomik yerleşimini, kontrastlanma paternini, perifokal ödemi, nekrozu, hemorajiyi ve kitle etkisini ortaya koyarken; difüzyon ağırlıklı görüntüleme ve ADC haritaları tümör hücreselliği, doku viskozitesi ve sitotoksik ödem hakkında bilgi sağlar. SWI/GRE sekansları ise mikrokanama, kalsifikasyon ve duyarlılık etkilerinin saptanmasında tanısal katkı sunar. Ancak beyin tümörlerinde morfolojik görünüm her zaman biyolojik davranışı yansıtmaz; özellikle yüksek dereceli glial tümörlerde, tedavi sonrası değişikliklerde ve tümör benzeri lezyonlarda ileri MR tekniklerine ihtiyaç duyulur.
Perfüzyon MR görüntüleme, tümör mikrovaskülaritesini ve anjiyogenez düzeyini değerlendirmeye olanak tanıyan kritik bir ileri görüntüleme yöntemidir. Dinamik duyarlılık kontrastlı perfüzyon tekniğinden elde edilen rölatif serebral kan hacmi, glial tümörlerin derecelendirilmesinde, aktif tümör dokusunun belirlenmesinde ve rekürrensin tedaviye bağlı değişikliklerden ayrılmasında temel parametrelerden biridir. Artmış rCBV değerleri neovaskülarizasyon, yüksek dereceli gliom ve tümör rekürrensi lehine güçlü bir bulgu iken; düşük ya da normal rCBV değerleri düşük dereceli tümör, radyasyon nekrozu veya psödoprogresyon olasılığını destekler. Bununla birlikte rCBV eşikleri mutlak değildir; manyetik alan gücü, çekim protokolü, kontrast uygulama şeması, sızıntı düzeltmesi ve post-processing yöntemlerinden etkilenebilir. Bu nedenle perfüzyon bulguları klinik tablo, kontrastlanma morfolojisi, difüzyon/ADC özellikleri, MR spektroskopi ve gerektiğinde PET bulguları ile birlikte yorumlanmalıdır.
Glial tümörlerde güncel DSÖ sınıflaması moleküler belirteçleri merkeze alırken, nöroradyoloji de IDH mutasyonu, 1p/19q durumu ve T2/FLAIR mismatch bulgusu gibi radyogenomik ipuçlarıyla tanısal sürece katkı sağlar. Tedavi sonrası dönemde psödoprogresyon, radyasyon nekrozu ve rekürrens benzer kontrastlanma paternleri oluşturabildiğinden tanısal ikilem yaratır. Antianjiyojenik tedavi sonrası kontrastlanma ve ödemde azalma, kan-beyin bariyerindeki düzelmeye bağlı psödoyanıtı temsil edebilir ve gerçek tümör yükünde azalma anlamına gelmeyebilir. RANO 2.0 kriterleri; ölçülebilir lezyon tanımı, kontrastlanan ve kontrastlanmayan tümör komponentlerinin izlenmesi, tam yanıt, parsiyel yanıt, stabil hastalık ve progresyon ayrımı için standartlaştırılmış bir çerçeve sunar. Sonuç olarak, perfüzyon MR konvansiyonel görüntülemenin sınırlılıklarını aşarak tümör biyolojisinin anlaşılmasına, tedavi yanıtının doğru değerlendirilmesine ve hasta yönetiminin optimize edilmesine doğrudan katkı sağlar.
Magnetic resonance imaging has a central role in the diagnostic evaluation, grading, differential diagnosis, and post-treatment surveillance of brain tumors. Conventional MRI sequences demonstrate anatomical location, enhancement pattern, peritumoral edema, necrosis, hemorrhage, and mass effect, while diffusion-weighted imaging and ADC maps provide insight into tumor cellularity, tissue viscosity, and cytotoxic edema. SWI/GRE sequences further contribute to the detection of microhemorrhage, calcification, and susceptibility-related changes. Nevertheless, morphology alone does not always reflect tumor biology, particularly in high-grade gliomas, post-treatment alterations, and tumor-mimicking lesions; therefore, advanced MRI techniques are essential for accurate neuro-oncologic assessment.
Perfusion MRI is a critical advanced imaging method that enables evaluation of tumor microvascularity and angiogenesis. Relative cerebral blood volume derived from dynamic susceptibility contrast perfusion imaging is one of the key parameters for grading glial tumors, identifying active tumor tissue, and differentiating recurrence from treatment-related changes. Increased rCBV strongly supports neovascularization, high-grade glioma, and tumor recurrence, whereas low or normal rCBV values favor low-grade tumor, radiation necrosis, or pseudoprogression. However, rCBV thresholds are not absolute and may be influenced by magnetic field strength, acquisition protocol, contrast administration strategy, leakage correction, and post-processing technique. Perfusion findings should therefore be interpreted in conjunction with clinical status, enhancement morphology, diffusion/ADC characteristics, MR spectroscopy, and, when appropriate, PET imaging.
The current WHO classification of glial tumors emphasizes molecular markers, and neuroradiology contributes to this integrated diagnostic approach through radiogenomic clues such as IDH mutation prediction, 1p/19q status, and the T2/FLAIR mismatch sign. In the post-treatment setting, pseudoprogression, radiation necrosis, and tumor recurrence may produce overlapping enhancement patterns, creating a major diagnostic challenge. After antiangiogenic therapy, reduced enhancement and edema may represent pseudoresponse due to restoration of the blood-brain barrier rather than a true reduction in tumor burden. RANO 2.0 criteria provide a standardized framework for defining measurable disease, monitoring enhancing and non-enhancing tumor components, and classifying complete response, partial response, stable disease, and progression. Overall, perfusion MRI overcomes important limitations of conventional imaging by improving the understanding of tumor biology, increasing confidence in response assessment, and directly supporting optimized patient management.
Panel Özetleri / Panel Abstracts
Panel 1: Yapay Zeka ve Gelecekte Sağlık Alanındaki Etkileri
Yapay Zeka: Fırsatlar ve Tehditler
Yapay zeka, sağlık bilimleri ve özellikle tıbbi görüntüleme alanında tanı, sınıflandırma, karar destek ve araştırma süreçlerini dönüştüren temel teknolojilerden biri haline gelmiştir. Turing’in hesaplanabilirlik yaklaşımından günümüzün üretken yapay zeka modellerine uzanan süreçte; perceptron, geri yayılım, evrişimsel sinir ağları ve uzun kısa süreli bellek ağları gibi yöntemler, sağlık verilerinin analizinde önemli aşamalar oluşturmuştur. 2012 yılında AlexNet ile ivme kazanan derin öğrenme dönemi; ImageNet ölçekli veri kümeleri, GAN modelleri ve Transformer mimarileriyle birlikte tıbbi görüntüleme, radyoloji ve beyin görüntüleme çalışmalarına yeni olanaklar sunmuştur.
Günümüzde büyük dil modelleri, bağlam ve prompt mühendisliği yaklaşımları ile ajan tabanlı iş akışları; klinik karar destek sistemlerinden rapor üretimine, literatür taramasından çoklu veri kaynaklarının birlikte yorumlanmasına kadar geniş bir kullanım alanı bulmaktadır. Çoklu ajan sistemleri radyoloji raporları, laboratuvar sonuçları ve görüntüleme bulgularını eş zamanlı olarak değerlendirebilirken; federatif öğrenme, hassas sağlık verilerinin kurumlar arasında doğrudan paylaşılmasına gerek kalmadan modellerin ortak biçimde geliştirilmesine imkan tanımaktadır. Bununla birlikte insan denetimli yapay zeka yaklaşımları, etik ve hukuki sorumluluğun korunmasında kritik bir kontrol katmanı olarak önem kazanmaktadır.
Bu fırsatlara karşın halüsinasyon, yanlılık, dalkavukluk eğilimi, bilişsel yankı odaları, veri mahremiyeti sorunları ve açıklanabilirlik eksikliği gibi zafiyetler ciddi riskler oluşturmaktadır. Geoffrey Hinton ve Yann LeCun gibi öncü araştırmacıların uyarıları da dikkate alındığında, yapay zekanın yalnızca performans odaklı değil; güvenilirlik, denetlenebilirlik ve sorumluluk ilkeleri çerçevesinde ele alınması gerekmektedir. Bu sunum, sağlık bilimleri ve beyin görüntüleme alanında yapay zekanın sunduğu fırsatları ve doğurduğu tehditleri dengeli bir perspektifle değerlendirerek, araştırmacıların istatistiksel zafiyetleri bilen, etik sorumluluk taşıyan ve hukuki sınırların farkında olan karar vericiler olarak geleceğin standartlarını şekillendirmesine katkı sunmayı amaçlamaktadır.
Artificial intelligence has become one of the key technologies transforming diagnostic, classification, decision-support, and research processes in health sciences, particularly in medical imaging. From Turing’s approach to computability to today’s generative artificial intelligence models, methods such as the perceptron, backpropagation, convolutional neural networks, and long short-term memory networks have represented important stages in the analysis of health data. The deep learning era, which gained momentum with AlexNet in 2012, has opened new possibilities for medical imaging, radiology, and brain imaging studies through ImageNet-scale datasets, GAN models, and Transformer architectures.
Today, large language models, context and prompt engineering approaches, and agent-based workflows have found a broad range of applications, from clinical decision-support systems and report generation to literature review and the joint interpretation of multiple data sources. While multi-agent systems can simultaneously evaluate radiology reports, laboratory results, and imaging findings, federated learning allows models to be collaboratively developed without directly sharing sensitive health data between institutions. Human-supervised artificial intelligence approaches are also gaining importance as a critical control layer for maintaining ethical and legal responsibility.
Despite these opportunities, vulnerabilities such as hallucination, bias, sycophancy, cognitive echo chambers, data privacy problems, and lack of explainability pose serious risks. Considering the warnings of pioneering researchers such as Geoffrey Hinton and Yann LeCun, artificial intelligence should be addressed not only from a performance-oriented perspective, but also within the framework of reliability, auditability, and responsibility. This presentation aims to evaluate the opportunities and threats of artificial intelligence in health sciences and brain imaging from a balanced perspective and to contribute to shaping future standards by positioning researchers as decision-makers who understand statistical vulnerabilities, carry ethical responsibility, and are aware of legal boundaries.
Sağlık Hizmetlerinde Yapay Zeka Donanımlarının Geleceği: Nöromorfik Hesaplama ve Uç Nokta Zekası (Edge AI)
Geleneksel bulut tabanlı yapay zeka (AI) sistemleri, yüksek gecikme süreleri (latency), bant genişliği kısıtlamaları ve veri gizliliği riskleri nedeniyle, saniyelerin hayati önem taşıdığı acil tıbbi müdahalelerde yetersiz kalmaktadır. Bu kısıtlamaları aşmak amacıyla, verinin üretildiği yerde işlenmesini sağlayan Uç Yapay Zeka (Edge AI) ve insan beyninin çalışma prensiplerini taklit eden nöromorfik donanımlar sağlık sektöründe büyük bir paradigma değişimi yaratmaktadır.
Bu sunumda, yeni nesil AI donanımlarının klinik pratiğe ve tıbbi cihazlara entegrasyonu incelenmektedir. Olay odaklı (event-driven) çalışan Vurulu Sinir Ağları (SNN) ve nöromorfik işlemciler (örn. Intel Loihi), sadece bir sinyal geldiğinde işlem yaparak geleneksel derin öğrenme donanımlarına kıyasla enerji tüketimini %80 ila %94 oranında azaltmaktadır. Özellikle akıllı cerrahi karar destek sistemlerinde gerçek zamanlı video ve sensör verilerini işleyen nöromorfik donanımlar, kritik durumlara 50 ms'nin altında tepki vererek cerrahi komplikasyonları önlemede yüksek başarı ve sıfır güvenlik ihlali göstermiştir.
Donanım inovasyonları veri toplama süreçlerini de dönüştürmektedir. "AI için Tasarım" (Design-for-AI) yaklaşımıyla geliştirilen esnek biyosensörler, hareket gürültüsünü optimize ederek EKG ve PPG gibi hayati sinyallerin donanım üzerinde anlık ve düşük güçle analiz edilmesine olanak tanımaktadır. Ayrıca, veriler cihaz dışına çıkmadığı için Federatif Öğrenme (Federated Learning) ve uç nokta işleme mekanizmalarıyla hasta mahremiyeti donanım seviyesinde güvence altına alınmaktadır.
Sonuç olarak, nöromorfik çipler ve FPGA hızlandırıcıları gibi otonom donanım teknolojileri, yapay zekayı hekimler için hızlı, güvenli ve gerçek zamanlı dijital bir reflekse dönüştürerek geleceğin otonom tıp ve akıllı ameliyathane uygulamalarının temelini inşa etmektedir.
Traditional cloud-based artificial intelligence (AI) systems fall short in critical medical emergencies where seconds matter, due to high latency, bandwidth limitations, and data privacy risks. To overcome these constraints, Edge AI, which processes data directly where it is generated, and neuromorphic hardware, which mimics the operational principles of the human brain, are creating a major paradigm shift in the healthcare sector.
This presentation examines the integration of next-generation AI hardware into clinical practice and medical devices. Event-driven Spiking Neural Networks (SNNs) and neuromorphic processors (e.g., Intel Loihi) compute only upon receiving a spike, reducing energy consumption by 80% to 94% compared to traditional deep learning hardware. Particularly in smart surgical decision support systems processing real-time video and sensor data, neuromorphic hardware responds to critical events in under 50 ms, demonstrating high success in preventing surgical complications with zero safety violations.
Hardware innovations are also transforming data acquisition processes. Flexible biosensors developed with a "Design-for-AI" approach optimize motion artifacts, allowing vital signs like ECG and PPG to be analyzed instantaneously and with ultra-low power directly on the hardware. Furthermore, since raw data never leaves the device, patient privacy is guaranteed at the hardware level through Federated Learning and on-device processing mechanisms.
In conclusion, autonomous hardware technologies like neuromorphic chips and FPGA accelerators transform AI into a fast, secure, and real-time digital reflex for physicians, building the foundation of future autonomous medicine and smart operating room applications.
Nörogörüntüleme Analizlerinde Yapay Zeka Entegrasyonu: Anatomik Yapı Analizlerinin Geleceği
Nörogörüntüleme analizleri merkezi sinir sistemine ait anatomik yapıların ayrıntılı olarak incelenmesine olanak sağlayan temel tanısal araçlar arasında yer almaktadır. Manyetik rezonans görüntüleme (MRG), fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme (fMRG), bilgisayarlı tomografi (BT) ve pozitron emisyon tomografisi (PET) gibi yöntemlerle elde edilen görüntüler; cerebrum, cerebellum, truncus encephali, ventriculi cerebri ve diğer nöroanatomik oluşumların morfometrik ve yapısal değerlendirilmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bununla birlikte görüntüleme verilerinin hacim ve karmaşıklığındaki artış, geleneksel değerlendirme yöntemlerinin sınırlılıklarını ortaya çıkarmaktadır.
Yapay zeka teknolojileri, özellikle makine öğrenmesi ve derin öğrenme algoritmaları, anatomik yapıların otomatik segmentasyonu, sınıflandırılması ve kantitatif analizinde önemli avantajlar sağlamaktadır. Bu yöntemler sayesinde cortex cerebri kalınlığı, gyri cerebri, sulci cerebri, substantia alba ve substantia grisea gibi yapıların ayrıntılı değerlendirilmesi mümkün olmakta; insan gözüyle fark edilmesi güç morfolojik varyasyonlar yüksek doğrulukla belirlenebilmektedir. Ayrıca yapay zeka destekli analizler, anatomik yapıların normal varyasyonlarının ortaya konulmasına ve patolojik değişikliklerin erken dönemde saptanmasına katkı sağlamaktadır.
Gelecekte yapay zeka ile entegre nörogörüntüleme sistemlerinin yalnızca hastalık tanısında değil, aynı zamanda nöroanatomi alanındaki araştırmalarda, anatomik varyasyonların belirlenmesinde ve bireyselleştirilmiş tıp uygulamalarında önemli rol üstlenmesi beklenmektedir. Bununla birlikte veri güvenliği, etik ilkeler, algoritmaların açıklanabilirliği ve klinik doğrulama gereksinimleri gibi konuların çözülmesi gerekmektedir. Yapay zeka destekli nörogörüntüleme analizleri, anatomik yapıların objektif, hızlı ve yüksek doğrulukla değerlendirilmesini sağlayarak geleceğin nöroanatomi ve klinik tıp uygulamalarına önemli katkılar sunacaktır.
Neuroimaging analyses are among the fundamental diagnostic tools that enable the detailed examination of anatomical structures of the central nervous system. Images obtained through methods such as magnetic resonance imaging (MRI), functional magnetic resonance imaging (fMRI), computed tomography (CT), and positron emission tomography (PET) are widely used in the morphometric and structural evaluation of the cerebrum, cerebellum, brainstem, cerebral ventricles, and other neuroanatomical structures. However, the increase in the volume and complexity of imaging data reveals the limitations of traditional evaluation methods.
Artificial intelligence technologies, particularly machine learning and deep learning algorithms, provide significant advantages in the automatic segmentation, classification, and quantitative analysis of anatomical structures. Through these methods, detailed evaluation of structures such as cerebral cortical thickness, cerebral gyri, cerebral sulci, white matter, and gray matter becomes possible; morphological variations that are difficult to detect with the human eye can be identified with high accuracy. In addition, artificial intelligence-supported analyses contribute to the identification of normal anatomical variations and the early detection of pathological changes.
In the future, neuroimaging systems integrated with artificial intelligence are expected to play an important role not only in disease diagnosis but also in research in the field of neuroanatomy, in the identification of anatomical variations, and in personalized medicine applications. However, issues such as data security, ethical principles, explainability of algorithms, and the need for clinical validation must be addressed. Artificial intelligence-supported neuroimaging analyses will make significant contributions to future neuroanatomy and clinical medicine practices by enabling the objective, rapid, and highly accurate evaluation of anatomical structures.
Panel 2: Yapay Zeka ile MR Görüntü Analizi
Beyin MR Görüntü Analizlerinde Yapay Zeka Kullanımı
Yapay zeka tabanlı yöntemler, beyin manyetik rezonans görüntülerinin (MRG) hızlı ve doğru analizinde giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bu sunumda, Johns Hopkins Üniversitesi tarafından geliştirilen OpenMAP-T1 platformunun ve 3D Slicer eklentisinin kullanımı ele alınmıştır. Sistem, derin öğrenme temelli U-Net mimarisi ile beyin bölgelerinin otomatik segmentasyonunu ve parselasyonunu gerçekleştirmektedir. Model eğitimi için MRICloud üzerinde oluşturulan ve tüm beyni 270 anatomik bölgeye ayıran MALF tabanlı etiketleme haritaları kullanılmıştır. U-Net mimarisi; CNet, SSNet, PNet ve HNet olmak üzere farklı ağlardan oluşmakta ve beyin yapılarının otomatik tanınmasını sağlamaktadır. Sunumda ayrıca github sitesi, OpenMAP-T1’in kurulumu, Python ve PyTorch ortamının hazırlanması, model dosyalarının yüklenmesi ve analiz sürecinin yürütülmesi açıklanmıştır. Bunun yanında ITK-SNAP ile derin öğrenme destekli otomatik segmentasyon işlemlerinin yerel bilgisayarda veya bulut tabanlı sunucular üzerinden nasıl gerçekleştirilebileceği gösterilmiştir. Bu yaklaşımlar sayesinde manuel iş yükü azalmakta, analiz süresi kısalmakta ve beyin görüntülerinden elde edilen anatomik verilerin doğruluğu artmaktadır.
Artificial intelligence (AI)-based methods are increasingly being used for the rapid and accurate analysis of brain magnetic resonance imaging (MRI) data. This presentation focuses on the use of the OpenMAP-T1 platform and its 3D Slicer extension developed by Johns Hopkins University. The system performs automated brain segmentation and parcellation using a deep learning–based U-Net architecture. Training labels were generated using MALF-based anatomical parcellation maps from MRICloud, which divide the brain into 270 anatomical regions. The U-Net framework consists of several subnetworks, including CNet, SSNet, PNet, and HNet, enabling automated recognition of brain structures. The presentation also describes the installation of OpenMAP-T1, web site of github, preparation of Python and PyTorch environments, deployment of model files, and execution of the analysis workflow. In addition, deep learning–assisted automatic segmentation using ITK-SNAP is demonstrated through both local and cloud-based implementations. These AI-driven approaches reduce manual workload, shorten processing time, and improve the accuracy and reproducibility of anatomical measurements derived from brain MRI data, thereby supporting both research and clinical neuroimaging applications.
Ergenlikte Nikotin ve Alkol Maruziyetinin Dinlenim Durumu Fonksiyonel Bağlantı (RSFC) ve Davranış Üzerindeki Uzun Vadeli Etkileri
Ergenlik dönemi, beynin kapsamlı yeniden yapılanmasıyla karakterize edilen ve madde maruziyeti gibi çevresel etkenlere karşı artmış duyarlılığın görüldüğü kritik bir nörogelişimsel zaman aralığıdır. Bu çalışma, ergenlik döneminde nikotin ve alkol maruziyetinin erişkin dönemde beyin fonksiyonu ve davranış üzerindeki uzun vadeli etkilerini incelemektedir. Farklı genetik arka planlara sahip ve her iki cinsiyetten fare modelleri kullanılarak gerçekleştirilen ilk çalışma, ergenlik döneminde nikotin maruziyetinin anksiyete benzeri davranışlar, nikotine verilen lokomotor yanıtlar ve dinlenim durumu fonksiyonel bağlantı (RSFC) üzerinde kalıcı, cinsiyet ve suşa bağlı değişikliklere yol açtığını göstermektedir. Dişi DBA/2J farelerde beyin genelinde RSFC’de yaygın azalmalar gözlenirken, dişi C57BL/6J farelerde striatal-hipokampal bağlantıda artış ve azalmış anksiyete benzeri davranışlar saptanmıştır.
İkinci çalışma, ergenlik dönemindeki aşırı (binge-benzeri) alkol tüketiminin erişkin dönemde prefrontal korteks bağlantılarında kalıcı ve cinsiyete göre ayrışan değişikliklere neden olduğunu ortaya koymaktadır; buna göre dişilerde fonksiyonel bağlantı azalırken, erkeklerde biliş ve motivasyonla ilişkili çoklu beyin ağlarında artış gözlenmiştir.
Bu bulgular birlikte değerlendirildiğinde, genetik arka plan, cinsiyet ve gelişimsel evrenin maddeye bağlı nörobiyolojik değişikliklere duyarlılığı nasıl şekillendirdiğini ortaya koymaktadır. Bu çalışma, ergen beyin duyarlılığının mekanistik anlaşılmasına katkı sağlamakta ve madde kullanım bozuklukları ile nörogelişimsel patolojiler için hedefe yönelik müdahalelere ışık tutmaktadır.
Adolescence is a critical neurodevelopmental period characterized by extensive brain remodeling and increased sensitivity to environmental factors such as substance exposure. This study examines the long-term effects of adolescent nicotine and alcohol exposure on brain function and behavior in adulthood. The first study, conducted using mouse models of different genetic backgrounds and both sexes, demonstrates that adolescent nicotine exposure leads to persistent, sex- and strain-dependent changes in anxiety-like behaviors, locomotor responses to nicotine, and resting-state functional connectivity (RSFC). Widespread decreases in whole-brain RSFC were observed in female DBA/2J mice, whereas female C57BL/6J mice showed increased striatal-hippocampal connectivity and reduced anxiety-like behaviors.
The second study reveals that binge-like alcohol consumption during adolescence causes persistent and sex-specific alterations in prefrontal cortex connectivity in adulthood; accordingly, functional connectivity decreased in females, whereas increases were observed in multiple brain networks associated with cognition and motivation in males.
Taken together, these findings demonstrate how genetic background, sex, and developmental stage shape vulnerability to substance-induced neurobiological changes. This study contributes to the mechanistic understanding of adolescent brain vulnerability and provides insight into targeted interventions for substance use disorders and neurodevelopmental pathologies.
Yazılımdan Donanıma Geçiş: Akıllı Tanılama Sistemleri
Günümüz tıp teknolojisinde yapay zeka (YZ) uygulamaları, hızla bulut tabanlı merkezi mimarilerden cihaz odaklı uç (edge) sistemlere evrilmektedir. "Tıbbi Görüntülemede YZ Donanım Devrimi" başlıklı bu çalışma, sağlıkta dijital dönüşümün yazılımdan donanıma kaydığı yeni dönemi incelemektedir. Geleneksel bulut mimarilerinin yaşadığı yüksek gecikme (latency), veri güvenliği ve internet bağımlılığı gibi kritik darboğazlar; yerel olarak çalışan, enerji verimli ve düşük gecikmeli Edge AI çiplerinin (ASIC/FPGA) kullanımıyla aşılmaktadır. Özellikle nöromorfik donanımlar ve Spiking Neural Networks (SNN) mimarileri, biyolojik nöronları taklit eden olay tabanlı işleme yöntemleri sayesinde klinik karar destek sistemlerinde gerçek zamanlı yanıt kapasitesi sunmaktadır. Bu çalışma, çoklu modalite entegrasyonu (CT, PET, Ultrason) ile donanım düzeyinde optimize edilmiş hibrit görüntü füzyon teknolojilerini ve bu sistemlerin klinik pratikteki otonom tanı kapasitelerini ele almaktadır. Sonuç olarak, donanım seviyesindeki bu inovasyonlar; KVKK uyumlu, güvenilir ve yüksek mobiliteye sahip "akıllı tanı cihazları" vizyonunu destekleyerek, tıbbi görüntüleme ve intraoperatif navigasyonda hekimlere bilişsel bir üstünlük sağlamaktadır.
In modern medical technology, artificial intelligence (AI) applications are rapidly evolving from centralized cloud-based architectures to device-centric edge systems. This presentation, titled "AI Hardware Revolution in Medical Imaging," examines the paradigm shift where the digital transformation in healthcare moves from software-oriented solutions to hardware-optimized systems. Critical bottlenecks of traditional cloud architectures, such as high latency, data security risks, and reliance on network connectivity, are overcome through the integration of low-power, low-latency Edge AI chips (ASIC/FPGA). In particular, neuromorphic hardware and Spiking Neural Network (SNN) architectures provide real-time processing capabilities in clinical decision support systems through event-driven methods that mimic biological neurons. The study explores multimodal integration (CT, PET, Ultrasound) and hardware-optimized hybrid image fusion technologies, alongside the autonomous diagnostic potential of these systems in clinical practice. Ultimately, these hardware-level innovations support a vision of GDPR-compliant, reliable, and highly mobile "smart diagnostic devices," providing physicians with cognitive superiority in medical imaging and intraoperative navigation.
Panel 3: Görüntüleme Teknikleri ve Analizleri
MR ve BT Görüntü Oluşumu: Fiziksel Prensipler, Görüntüleme Parametreleri ve Çok Boyutlu Teknolojiler
Tıbbi görüntüleme, modern tanı ve tedavi süreçlerinin en kritik bileşenlerinden birini oluşturmaktadır. Bu çalışmada, radyolojik teşhiste yaygın olarak kullanılan Manyetik Rezonans Görüntüleme (MRG) ve Bilgisayarlı Tomografi (BT) yöntemlerinin temel fiziksel prensipleri, sinyal ve görüntü oluşturma mekanizmaları ile ileri düzey çok boyutlu klinik uygulamaları kapsamlı bir şekilde incelenmiştir.
MRG sürecinde, insan vücudunun yaklaşık %70'ini oluşturan su moleküllerindeki hidrojen (H) atomu çekirdekleri (protonlar) temel alınmaktadır. Kendi ekseni etrafında dönen yüklü protonlar, mikroskobik birer manyetik dipol gibi davranırlar. Hasta güçlü bir dış manyetik alana (B0) alındığında protonlar bu alan eksenine paralel veya antiparalel olarak dizilir ve paralel olanların lehine küçük bir farkla Net Manyetizasyon Vektörü (M0) meydana gelir. Radyofrekans bobinleriyle dokuya gönderilen uyarım pulslarının süresi ve genliği ayarlanarak Sapma Açısı belirlenmektedir. 90° ≤ RF ≤ 180° uyarım değerleri Spin Eko ve İnversiyon Recovery sekanslarını oluştururken, RF < 90° değerleri Gradiyent Eko sekanslarında tercih edilir. RF pulsu kesildikten sonra boylamsal gevşeme (T1 rölaksasyonu) ve enlemsel gevşeme (T2 rölaksasyonu) süreçleri başlar. T1 ağırlıklı görüntüler yüksek anatomik detay sunup sıvıları hipointens gösterirken, T2 ağırlıklı sekanslar sıvıları hiperintens göstererek patolojilerin saptanmasında üstünlük sağlar. İncelenecek kesit bölgesinin X, Y ve Z eksenlerindeki tam konumu gradiyent bobinleri tarafından doğrusal manyetik alan değişiklikleri oluşturularak belirlenir.
BT teknolojisinde dijital görüntüleme matris yapısı üzerinden gerçekleştirilir. İki boyutlu en küçük görüntü hücresi olan piksel boyutu küçüldükçe matris çözünürlüğü yükselmektedir. Pikselin kesit kalınlığı boyutuyla birleşerek oluşturduğu üç boyutlu hacim elemanına voksel adı verilir. Kenar uzunlukları eşit olan kübik vokseller izotropik, farklı olanlar ise anisotropik olarak tanımlanır ve izotropik vokseller yüksek kaliteli çok düzlemli rekonstrüksiyon imkanı sağlar. Dokuların X-ışını zayıflatma katsayıları, suyun değeri sıfır baz alınarak oluşturulan Hounsfield Skalası ile sayısallaştırılır. Kemik dokusu +1000 HU ile hiperdens, hava ise -1000 HU ile hipodens kontrast değerine sahiptir. Hedeflenen doku kontrastının optimize edilmesi amacıyla Pencere Genişliği ve Pencere Merkezi parametreleri kullanılarak pencereleme işlemi gerçekleştirilir. Statik 3D BT görüntülerine zaman ve hareket boyutunun eklenmesiyle elde edilen 4D BT solunum artefaktlarını minimize ederken; yapay zeka tabanlı hareket ve doku mekaniği modellemelerini içeren 5D BT teknolojileri zamansal sürekliliği en üst düzeye taşıyarak klinik taramalarda yerini almıştır.
Çalışmanın devamında, beyin mikroyapısal organizasyonunun ve beyaz cevher yolaklarının non-invaziv olarak haritalandırılmasını sağlayan Manyetik Rezonans Traktografi ve Difüzyon Tensör Görüntüleme teknikleri dahil edilmiştir. DTG, biyolojik dokulardaki su moleküllerinin Brownian hareketlerini ölçerek mikroyapısal bütünlük ve oryantasyon verisi sunar. Gri cevherde su difüzyonu izotropik karakter gösterirken; beyaz cevherde akson zarları ve miyelin kılıflarının yarattığı kısıtlamalar nedeniyle elipsoid formda anizotropik difüzyon gerçekleşir. Bu anizotropi, üç boyutlu ortamda 3x3 boyutlu ikinci derece bir difüzyon tensör matrisi ile modellenir. Matris üzerinden hesaplanan en büyük özdeğer ve buna karşılık gelen özvektör, voksel içindeki ana difüzyon yönünü, yani Aksiyel Difüzyonu tanımlar. Majör eigen vektörler yönsel olarak renk kodlu haritalara dönüştürülür; standart şemada sol-sağ doğrultusu kırmızı, anteroposterior yeşil ve kraniokaudal eksen mavi renk ile gösterilerek beyaz cevher lif takibi gerçekleştirilir.
Buna ek olarak, beyindeki fiziksel uyaranlar ve bilişsel süreçlere bağlı nöral aktivitelerin dolaylı ve non-invaziv ölçümünü sağlayan Fonksiyonel MR Görüntüleme metodolojisi entegre edilmiştir. fMRG, nöral aktivasyon sırasında artan enerji ihtiyacını karşılamak üzere bölgeye yönlenen kan akışındaki oksihemoglobin ve deoksihemoglobin konsantrasyon değişimlerini temel alan BOLD sinyallerini ölçer. Oksijensiz hemoglobin paramanyetik özellik göstererek çevre protonlarda manyetik alan homojenliğini bozup MR sinyalini düşürürken, oksijenli hemoglobin diamanyetiktir ve sinyal artışına yol açar. Bu dinamik vasküler süreç Hemodinamik Cevap olarak tanımlanır. fMRG çekim paradigmasında yüksek uzaysal çözünürlüklü volumetrik T1 yapısal görüntüler ile düşük çözünürlüklü dinamik T2* EPI sekansları bağdaştırılır. Görev tabanlı protokollerde Blok Dizayn veya Olay Bağımlı paradigmalar kullanılarak voksellerin zaman serilerindeki intensite değişimleri SPM, AFNI ve FSL gibi istatistiksel analiz yöntemleriyle haritalandırılır. Klinik uygulamalarda 1.5T ve 3T cihaz karşılaştırmalarında yüksek tesla değerlerinin sinyal değişim oranını artırdığı saptanmıştır. fMRG ve DTG'nin kombine kullanımı; pre-operatif süreçte motor, duyu ve konuşma merkezleri gibi kritik kortikal alanların belirlenmesinde, dil lateralizasyonunun saptanmasında ve cerrahi sınırların planlanmasında altın standart kortikal haritalamaya güçlü bir non-invaziv katkı sunmaktadır.
Medical imaging is one of the most critical components of modern diagnostic and therapeutic processes. In this study, the fundamental physical principles, signal and image formation mechanisms, and advanced multidimensional clinical applications of Magnetic Resonance Imaging (MRI) and Computed Tomography (CT), which are widely used in radiological diagnosis, are comprehensively reviewed.
In MRI, the process is based on hydrogen (H) nuclei, or protons, in water molecules, which constitute approximately 70% of the human body. Charged protons rotating around their own axes behave like microscopic magnetic dipoles. When the patient is placed in a strong external magnetic field (B0), the protons align parallel or antiparallel to this field axis, and a Net Magnetization Vector (M0) occurs due to a small predominance of parallel alignment. The flip angle is determined by adjusting the duration and amplitude of excitation pulses transmitted to the tissue by radiofrequency coils. Excitation values of 90° ≤ RF ≤ 180° generate Spin Echo and Inversion Recovery sequences, whereas RF < 90° values are preferred in Gradient Echo sequences. After the RF pulse is switched off, longitudinal relaxation (T1 relaxation) and transverse relaxation (T2 relaxation) begin. T1-weighted images provide high anatomical detail and show fluids as hypointense, whereas T2-weighted sequences show fluids as hyperintense and are advantageous for detecting pathologies. The exact location of the slice to be examined along the X, Y, and Z axes is determined by gradient coils that generate linear magnetic field variations.
In CT technology, digital imaging is performed through a matrix structure. As the size of the pixel, the smallest two-dimensional image cell, decreases, matrix resolution increases. The three-dimensional volume element formed by combining the pixel with slice thickness is called a voxel. Cubic voxels with equal edge lengths are defined as isotropic, while those with unequal edge lengths are anisotropic; isotropic voxels enable high-quality multiplanar reconstruction. Tissue X-ray attenuation coefficients are quantified using the Hounsfield Scale, in which the value of water is taken as zero. Bone tissue has a contrast value of +1000 HU and appears hyperdense, whereas air has a value of -1000 HU and appears hypodense. Windowing is performed using Window Width and Window Center parameters to optimize the targeted tissue contrast on the display. While 4D CT, obtained by adding time and motion dimensions to static 3D CT images, minimizes respiratory artifacts, 5D CT technologies incorporating artificial intelligence-based motion and tissue mechanics modeling have entered clinical imaging by maximizing temporal continuity.
The study also includes Magnetic Resonance Tractography and Diffusion Tensor Imaging techniques, which enable non-invasive mapping of the brain’s microstructural organization and white matter pathways. DTI measures the Brownian motion of water molecules in biological tissues and provides data on microstructural integrity and orientation. In gray matter, water diffusion shows an isotropic character by spreading equally in all directions, whereas in white matter, restrictions caused by axonal membranes and myelin sheaths lead to ellipsoid-shaped anisotropic diffusion. This anisotropy is modeled in three-dimensional space using a 3x3 second-order diffusion tensor matrix. The largest eigenvalue calculated from the matrix and the corresponding eigenvector define the main diffusion direction within the voxel, namely axial diffusion. The resulting major eigenvectors are converted into directionally color-coded maps; in the standard scheme, left-right direction is shown in red, anteroposterior direction in green, and the craniocaudal axis in blue, enabling white matter fiber tracking.
In addition, Functional MRI methodology, which enables indirect and non-invasive measurement of neural activity associated with physical stimuli and cognitive processes in the brain, is integrated. fMRI measures Blood Oxygen Level Dependent (BOLD) signals based on concentration changes in oxyhemoglobin and deoxyhemoglobin in blood flow directed to regions with increased energy demand during neural activation. Deoxygenated hemoglobin is paramagnetic and decreases the MR signal by disrupting magnetic field homogeneity in surrounding protons, whereas oxygenated hemoglobin is diamagnetic and leads to signal increase. This dynamic vascular process is defined as the hemodynamic response. In the fMRI acquisition paradigm, high-spatial-resolution volumetric T1 structural images are coregistered with low-resolution dynamic T2* EPI sequences. In task-based protocols, intensity changes in voxel time series are mapped using statistical analysis methods such as SPM, AFNI, and FSL through block design or event-related paradigms. In clinical applications, comparisons between 1.5T and 3T scanners have shown that higher Tesla values increase the signal change ratio. The combined use of fMRI and DTI provides a strong non-invasive contribution to gold-standard cortical mapping by identifying critical cortical areas such as motor, sensory, and language centers in the preoperative process, determining language lateralization, and planning surgical boundaries.
holiAtlas: Çok Modlu Beyin Atlasları ile Yapay Zeka Destekli Nörogörüntüleme Analizi ve Klinik Biyobelirteç Geliştirme
Nörogörüntüleme alanında yüksek çözünürlüklü anatomik atlaslar, beyin yapılarının daha hassas değerlendirilmesine ve yeni biyobelirteçlerin geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Bu panelde, çok modlu yapısal bir beyin atlası olan holiAtlas’ın kullanımı ve klinik uygulamaları sunulmuştur. Atlas, farklı görüntüleme modalitelerinden elde edilen verileri bütüncül bir yaklaşımla bir araya getirerek beyin yapılarını yüksek mekansal doğrulukla tanımlamayı amaçlamaktadır. Sunumda holiAtlas’ın MATLAB ve SPM12 tabanlı iş akışları kullanılarak bireysel T1-ağırlıklı manyetik rezonans görüntülerine uyarlanması, deformasyon alanları aracılığıyla atlas eşleştirme işlemleri ve sonuçların görselleştirilmesi ayrıntılı olarak gösterilmiştir. Ayrıca 3D Slicer entegrasyonu sayesinde segmentasyon sonuçlarının üç boyutlu olarak değerlendirilmesi ve açık kaynak yazılımlar ile klinik araştırmalarda kullanılabilirliği ele alınmıştır. Atlasın özellikle thalamus çekirdekleri, hipokampal alt alanlar ve diğer küçük beyin yapılarının analizinde sağladığı avantajlar vurgulanmıştır. Sunumda volBrain ve AAL atlaslarıyla olan ilişkisi, bulut tabanlı volumetrik analiz süreçleri ve yapay zeka destekli görüntü işleme yaklaşımlarının nörodejeneratif hastalıkların erken tanısındaki potansiyeli tartışılmıştır. Sonuç olarak holiAtlas, araştırmacılara ve klinisyenlere yüksek çözünürlüklü, çok modlu ve açık kaynaklı bir nörogörüntüleme altyapısı sunarak hassas beyin haritalama ve biyobelirteç geliştirme çalışmalarına katkı sağlayan yenilikçi bir platform olarak değerlendirilmektedir.
High-resolution neuroanatomical atlases play a critical role in modern neuroimaging by enabling precise characterization of brain structures and facilitating the development of novel biomarkers. This panel presents the implementation and clinical applications of holiAtlas, a multimodal structural brain atlas designed to integrate information from different imaging modalities within a unified framework. The atlas aims to improve anatomical localization and quantitative analysis through high spatial resolution and comprehensive structural representation. The presentation demonstrates a workflow based on MATLAB and SPM12 for adapting holiAtlas to individual T1-weighted magnetic resonance images, including tissue segmentation, deformation-field generation, atlas registration, and visualization of the resulting labels. Integration with 3D Slicer allows interactive three-dimensional inspection of segmentation outputs and supports translational research applications. Particular emphasis is placed on the analysis of small and clinically relevant structures such as thalamic nuclei, hippocampal subfields, and other deep brain regions. The relationship between holiAtlas, volBrain, and AAL-based approaches is discussed together with cloud-based volumetric analysis pipelines and artificial intelligence-assisted image processing strategies. The potential value of these technologies for early detection of neurodegenerative disorders and precision neuroimaging is highlighted. Overall, holiAtlas represents an innovative, open-source, high-resolution multimodal platform that supports advanced brain mapping, quantitative neuroanatomy, and biomarker discovery in both research and clinical settings.
Sözlü Bildiri Özetleri
Alzheimer Hastalığı Tanısında volBrain CognitiveTree İş Akışının Tanısal Doğruluğunun Değerlendirilmesi
2- Arel Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
3- Bilgi Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi, Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Bölümü, İstanbul, Türkiye
4- Sanko Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, Gaziantep, Türkiye
Amaç: Alzheimer hastalığı, dünya çapında artan yaygınlığı olan önemli bir nörodejeneratif hastalıktır. Çalışmamızda Alzheimer hastalığı tanısı almış bireyler ile sağlıklı kontrol grubuna ait Manyetik Rezonans Görüntüleme verilerini kullanarak volBrain Cognitive Tree pipeline analiz sonuçlarını makine öğrenmesi algoritmaları ile değerlendirilmesi amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Alzheimer hastalığı tanısı almış bireyler ile sağlıklı kontrol grubuna ait manyetik rezonans görüntüleme verileri, Alzheimer Hastalığı Nörogörüntüleme Girişimi (ADNI) veri tabanından retrospektif olarak elde edildi. Çalışmaya her grupta 52-90 yaş aralığında 100 birey dahil edildi. Görüntü analizleri, volBrain yazılımının CognitiveTree modülü aracılığıyla gerçekleştirildi. Bu doğrultuda, beynin 231 farklı anatomik bölgesine ait Toplam İntrakraniyal Hacim % değerleri istatistiksel analizler ve makine öğrenmesi algoritmaları kullanılarak değerlendirildi.
Bulgular: Grup tahminine yönelik gerçekleştirilen makine öğrenmesi analizinde, %20 test verisi kullanılarak oluşturulan modeller arasında en yüksek doğruluk değeri 0,90 ile Random Forest ve Bagging Classifier algoritmalarında elde edildi. SHapley Additive exPlanations çözümleyicisine göre grup tahminine en yüksek katkı sağlayan parametrenin total ventriculus lateralis inferior (%) olduğu belirlendi.
Sonuç: Alzheimer hastalığı ve sağlıklı kontrol gruplarına ait verilerle gerçekleştirilen sınıflandırma analizleri, beyin bölgelerinin anatomik yapılarındaki etkilenme durumlarının makine öğrenmesi tabanlı yöntemlerle daha hızlı ve pratik biçimde tahmin edilebildiğini göstermiştir. Ayrıca, bu yöntemlerin hastalığın güvenilir şekilde sınıflandırılmasında etkili olduğu ve farklı popülasyonlarda doğrulanarak klinik uygulamalara entegre edilmesinin tanı süreçlerine önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir.
Objective: Alzheimer's disease is a significant neurodegenerative disease with increasing prevalence worldwide. This study aimed to evaluate the results of volBrain Cognitive Tree pipeline analyses using machine learning algorithms, based on Magnetic Resonance Imaging data from individuals diagnosed with Alzheimer's disease and a healthy control group.
Materials and Methods: Magnetic Resonance Imaging data from individuals diagnosed with Alzheimer's disease and a healthy control group were retrospectively obtained from the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) database. Each group included 100 individuals aged 52-90 years. Image analyses were performed using the CognitiveTree module of the volBrain software. Accordingly, Total Intracranial Volume percentage values for 231 different anatomical regions of the brain were evaluated using statistical analyses and machine learning algorithms.
Results: In the machine learning analysis performed for group prediction, the highest accuracy value of 0.90 was obtained in the Random Forest and Bagging Classifier algorithms among the models created using 20% test data. According to the Shapley Additive exPlanations solver, the parameter that contributed most to group prediction was determined to be the total ventriculus lateralis inferior (%).
Conclusion: Classification analyses performed with data from Alzheimer's disease patients and healthy control groups have shown that the extent of damage to the anatomical structures of brain regions can be predicted more quickly and practically using machine learning based methods. Furthermore, it is believed that these methods are effective in reliably classifying the disease and that their validation in different populations and integration into clinical applications could significantly contribute to diagnostic processes.
Spiking Sinir Ağları (SNN) ve Koku Merkezlerinin Hacimsel MR Analizi ile Parkinson Hastalığı Teşhisi
2- Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Çorlu Mühendislik Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Tekirdağ, Türkiye
3- Yozgat Bozok Üniversitesi, Tıp Fakültesi, anatomi Ababilim Dalı, Yozgat, Türkiye
4- Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye
5- Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Radyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
6- Sanko Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, Gaziantep, Türkiye
Amaç: Parkinson hastalığı (PH), motor belirtiler ortaya çıkmadan yıllar önce koku alma duyusu kaybı (hipozmi) gibi motor olmayan semptomlarla kendini gösteren ilerleyici bir nörodejeneratif bozukluktur.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, beynin koku merkezlerine ait MR görüntülerinin hacimsel ölçümleri üzerinden derin öğrenme yöntemleri kullanılarak otomatik bir Parkinson teşhis modeli sunulmaktadır. Araştırma kapsamında, çeşitli yaş gruplarından kadın ve erkek toplam 40 Parkinson hastası ile 40 sağlıklı kontrol grubuna ait MR görüntüleri incelenmiştir. Bu görüntüler üzerinden 7 farklı koku bölgesi (Anterior orbital gyrus, Lateral orbital gyrus, Medial orbital gyrus, Posterior orbital gyrus, Anterior insula, Posterior insula ve Anterior cingulate gyrus) segmente edilerek toplamda 280 verilik bir hasta/sağlıklı veri seti oluşturulmuştur. Sınıflandırma aşamasında, geleneksel yapay sinir ağlarına kıyasla enerji verimliliği ve biyolojik gerçekçiliği yüksek olan üçüncü nesil nöral ağ mimarisi Spike Neural Network (SNN - Vuran Sinir Ağları) dahil olmak üzere çeşitli derin öğrenme algoritmaları kullanılmıştır.
Bulgular: Elde edilen bulgular, özellikle hızlı çalışma ve basit kullanım özelliklerine sahip SNN yönteminin %89'un üzerinde yüksek bir doğruluk oranına ulaştığını göstermektedir. Bu yüksek başarı oranı, SNN mimarisinin karmaşık ön işleme adımlarına gerek kalmadan doğrudan MR görüntüleri üzerinden kullanılabileceğini kanıtlamaktadır.
Sonuç: Sonuç olarak bu çalışma, beynin koku bölgelerine ait hacimsel verilerin ve 2 boyutlu MR kesitlerinin yenilikçi derin öğrenme algoritmalarıyla hızlı bir şekilde analiz edilerek Parkinson hastalığının erken ve güvenilir teşhisine imkan sağlayabileceğini göstermektedir.
Objective: Parkinson’s disease (PD) is a progressive neurodegenerative disorder where early objective diagnosis remains a significant clinical challenge. Olfactory dysfunction is one of the earliest non-motor symptoms, often emerging years before motor deficits.
Materials and methods: In this study, we present an automated diagnostic framework for PD utilizing deep learning techniques on volumetric measurements of brain olfactory centers extracted from Magnetic Resonance (MR) images. The dataset consists of MR images from 80 individuals across various age groups, comprising 40 PD patients and 40 healthy controls of both genders. Volumetric data was extracted from 7 specific olfactory-related regions: Anterior orbital gyrus, Lateral orbital gyrus, Medial orbital gyrus, Posterior orbital gyrus, Anterior insula, Posterior insula, and Anterior cingulate gyrus. This yielded a robust dataset of 280 data points for the classification task. Various deep learning methods were applied to this dataset, with a particular focus on Spiking Neural Networks (SNNs). Recognized as the third generation of neural networks, SNNs process information via discrete spikes, offering superior computational speed and energy efficiency compared to conventional artificial neural networks.
Results: The experimental results demonstrated that the SNN approach achieved a high accuracy rate of over 89%. Furthermore, the findings highlight that SNNs offer fast execution and simple usability, proving their capability to be employed directly on MR images and volumetric data without extensive preprocessing.
Conclusions: In conclusion, the rapid analysis of 2D MR images and volumetric data of olfactory regions using SNNs provides a highly effective and promising tool for the accurate, computer-aided detection of Parkinson's disease.
AAL3v1, FreeSurfer, THOMAS ve volBrain Kullanarak Talamus ve Talamus Çekirdeklerinin Segmentasyon Uyumu ve Hacim Ölçümlerinin Kıyaslanması
Amaç: Talamus, fonksiyonel olarak farklı çekirdeklerden oluşan kompleks bir subkortikal yapıdır ve bu çekirdeklerin doğru segmentasyonu nörogörüntüleme çalışmalarında kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, yaygın olarak kullanılan dört otomatik talamus segmentasyon yönteminin (AAL3v1, FreeSurfer, THOMAS ve volBrain) çekirdek bazında ve total talamus düzeyinde karşılaştırılması; yöntemler arası uyum, güvenilirlik ve hacimsel farklılıkların ortaya konulması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya toplam 84 birey dahil edilmiştir. Katılımcıların nörogörüntüleme verileri 3T MR sisteminde yüksek çözünürlüklü yapısal MPRAGE sekansı kullanılarak elde edilmiştir. Talamus ve alt çekirdekleri (AV, VA, VL, VPL, MD, LGN, MGN ve Pulvinar), dört farklı otomatik segmentasyon yöntemi kullanılarak bilateral analiz edilmiştir. Yöntemler arası karşılaştırmada Intraclass Correlation Coefficient (ICC) ile ölçümlerin güvenilirliği, Dice Similarity Coefficient (DSC) ile mekansal örtüşme, Bland–Altman analizi ile uyum ve sistematik sapma değerlendirilmiştir.
Bulgular: Dice analizi, en yüksek örtüşmenin Pulvinar çekirdeğinde (≈0,65–0,70), en düşük örtüşmenin ise AV ve MGN çekirdeklerinde (≈0,07–0,30) olduğunu göstermiştir. ICC analizinde VL ve Pulvinar çekirdeklerinde yüksek güvenilirlik (ICC > 0,85) saptanırken, AV ve MGN çekirdeklerinde düşük güvenilirlik izlenmiştir. Bland–Altman analizinde yöntemler arasında belirgin sistematik farklılıklar saptanmıştır. FreeSurfer’ın tüm çekirdeklerde ve total talamusta hacimleri sistematik olarak daha yüksek, THOMAS’ın ise daha düşük ölçtüğü görülmüştür. Total talamus hacminde yöntemler arasında 1000 mm³’ün üzerinde farklar izlenmiştir. VL ve VPL çekirdeklerinde yöntemlerin iki farklı segmentasyon yaklaşımına ayrıldığı, Pulvinar çekirdeğinde ise yöntemler arası uyumun daha yüksek olduğu saptanmıştır.
Sonuç: Talamus segmentasyon sonuçları kullanılan atlas ve algoritmaya belirgin şekilde bağımlıdır. Dice ve ICC gibi metrikler yüksek olsa dahi yöntemler arasında anlamlı hacimsel farklılıklar bulunabilmektedir. Bu nedenle farklı segmentasyon yöntemleri klinik ve araştırma uygulamalarında birbirinin yerine kullanılmamalıdır.
Objective: The thalamus is a complex subcortical structure composed of functionally distinct nuclei, and the accurate segmentation of these nuclei is of critical importance in neuroimaging studies. This study aims to compare four widely used automatic thalamus segmentation methods (AAL3v1, FreeSurfer, THOMAS, and volBrain) at the nuclear and total thalamus levels, and to reveal the inter-method agreement, reliability, and volumetric differences.
Materials and Methods: A total of 84 individuals were included in the study. Participants' neuroimaging data were acquired on a 3T MRI system using a high-resolution structural MPRAGE sequence. The thalamus and its subnuclei (AV, VA, VL, VPL, MD, LGN, MGN, and Pulvinar) were analyzed bilaterally using four different automatic segmentation methods. In the inter-method comparison, the reliability of the measurements was evaluated using the Intraclass Correlation Coefficient (ICC), spatial overlap with the Dice Similarity Coefficient (DSC), and agreement and systematic bias with Bland–Altman analysis.
Results: Dice analysis showed that the highest overlap was in the Pulvinar nucleus (≈0.65–0.70), while the lowest overlap was in the AV and MGN nuclei (≈0.07–0.30). In the ICC analysis, high reliability (ICC > 0.85) was detected in the VL and Pulvinar nuclei, whereas low reliability was observed in the AV and MGN nuclei. Bland–Altman analysis revealed prominent systematic differences among the methods. It was observed that FreeSurfer systematically measured higher volumes in all nuclei and the total thalamus, whereas THOMAS measured lower volumes. Differences of over 1000 mm³ in total thalamus volume were observed among the methods. It was determined that the methods diverged into two different segmentation approaches in the VL and VPL nuclei, while inter-method agreement was higher in the Pulvinar nucleus.
Conclusion: Thalamus segmentation results are highly dependent on the atlas and algorithm used. Even if metrics such as Dice and ICC are high, significant volumetric differences can exist between methods. Therefore, different segmentation methods should not be used interchangeably in clinical and research applications.
Fibromiyaljide Müzik Aracılı Analjezinin Nöral Temelleri: Dinlenim Durumu Beyin Ağlarına Yönelik bir fMRI Çalışması
2- Yeditepe Üniversitesi Sinirbilim Doktora Programı
Giriş: Fibromiyalji (FM), yaygın kas-iskelet ağrısı, yorgunluk ve bilişsel bozukluklarla seyreden kronik bir sendromdur. Merkezi sinir sistemindeki fonksiyonel değişikliklerin bu tablonun temel mekanizmalarından biri olduğu düşünülmekte; müziğin ağrı modülasyonu üzerindeki etkileri giderek artan ilgi görmektedir. Bu çalışmada, açık erişimli bir veri seti kullanılmıştır (ds001928). Veri seti, FM tanısı almış 20 kadın hasta (Myaş 46.4±12.5) ve 20 kontrol katılımcısından (Myaş= 42.1±12.5) oluşmaktadır.
Yöntem: Katılımcılar fMRI taraması sırasında tercih ettikleri rahatlatıcı müziği dinlemiş; müzik öncesi (pre-rest) ve sonrası (post-rest) dinlenim durumu görüntüleri alınmıştır. Veriler CONN araç kutusu kullanılarak işlenmiş ve ön işleme adımları standart pipeline ile gerçekleştirilmiştir. Grup düzeyinde Bağımsız Bileşen Analizi uygulanmıştır. İkinci düzey analizde grup etkisi (FM>HC) ve koşul etkisi (post-rest>pre-rest) için 2x2 karma model kurulmuştur. Ağlarla uzamsal korelasyon katsayısı r>.20 olan bileşenler güvenilir ağ eşleşmesi kriteri olarak kabul edilmiş; istatistiksel eşik olarak p< 0.05 FDR düzeltmesi uygulanmıştır.
Bulgular: Dikkat çekerlik ağıyla (Salience Network; SN) en yüksek uzamsal korelasyonu gösteren bileşende, sol inferior frontal girus (IFG)'de FM grubunun müzik sonrasında anlamlı şekilde artan bağlantısallık sergilediği gözlemlenmiştir. Görsel ağla (Visual Network; VN) güçlü uzamsal korelasyon gösteren bileşende ise sağ Lingual Girus (LG) ve Vermis 4-5'i kapsayan bir kümede FM grubunda azalan bağlantısallık tespit edilmiştir.
Sonuç: FM hastalarında müzik sonrasında SN ve VN'de gözlemlenen zıt yönlü değişim örüntüsü, müzik aracılı analjezinin nöral mekanizmalarına ilişkin ipuçları sunmaktadır. Sol İFG'deki artmış SN bağlantısallığı, müziğin ağrı değerlendirmesi ve duygusal işlemeyle ilişkili prefrontal süreçleri harekete geçirdiğine işaret etmektedir; bu bulgu, müziğin ağrı inhibitör mekanizmalarını güçlendirebileceğini düşündürmektedir. Öte yandan sağ LG ve serebellumda gözlemlenen azalmış VN bağlantısallığı, müziğin dikkati görsel ve duyusal uyaranlardan uzaklaştırarak ağrıdan saptırdığı şeklinde yorumlanabilir; bu da literatürde müzik aracılı analjezide öne sürülen dikkat yönlendirme mekanizmasıyla örtüşmektedir. Her iki bulgu birlikte değerlendirildiğinde, FM hastalarında müziğin hem prefrontal düzenleyici süreçleri etkinleştirerek hem de duyusal işlemlemeyi baskılayarak çok boyutlu bir analjezik etki oluşturabileceği düşünülmektedir.
Introduction: Fibromyalgia (FM) is a chronic syndrome characterised by widespread musculoskeletal pain, fatigue, and cognitive impairment. Functional changes in the central nervous system are thought to be one of the underlying mechanisms of this condition; the effects of music on pain modulation are attracting increasing interest. In this study, an open-access dataset was used (ds001928). The dataset comprises 20 female patients diagnosed with FM (Mage = 46.4 ± 12.5) and 20 control participants (Mage = 42.1 ± 12.5).
Method: Participants listened to their preferred relaxing music during an fMRI scan; resting-state images were acquired before (pre-rest) and after (post-rest) the music. The data were processed using the CONN toolbox, and pre-processing steps were carried out using the standard pipeline. Independent Component Analysis was applied at the group level. In the second-level analysis, a 2x2 mixed-effects model was established for the group effect (FM>HC) and the condition effect (post-rest>pre-rest). Components with a spatial correlation coefficient r > 0.20 were accepted as a reliable network matching criterion; a statistical threshold of p < 0.05 with FDR correction was applied.
Results: In the component showing the highest spatial correlation with the Salience Network (SN), the FM group exhibited a significant increase in connectivity in the left inferior frontal gyrus (IFG) following music exposure. In the component showing strong spatial correlation with the Visual Network (VN), a decrease in connectivity was detected in the FM group within a cluster encompassing the right lingual gyrus (LG) and vermis 4–5.
Conclusion: The pattern of opposite changes observed in the SN and VN following music in FM patients provides clues regarding the neural mechanisms of music-mediated analgesia. Increased SN connectivity in the left IFG suggests that music activates prefrontal processes associated with pain assessment and emotional processing; this finding suggests that music may enhance pain-inhibitory mechanisms. On the other hand, the reduced VN connectivity observed in the right LG and cerebellum can be interpreted as music diverting attention away from visual and sensory stimuli to distract from pain; this aligns with the attention-redirection mechanism proposed in the literature regarding music-mediated analgesia. When both findings are considered together, it is thought that music may produce a multidimensional analgesic effect in FM patients by both activating prefrontal regulatory processes and suppressing sensory processing.
Thalamus Çekirdek Hacimlerinin Yaşa Bağlı Analizi: Bir MR Görüntüleme Çalışması
2- Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biofizik ABD, Ankara, Türkiye
3- Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Bilimler Bölümü, Anatomi ABD, Ankara, Türkiye
4- Florida Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Radyoloji ABD, Jacksonville, FL, Amerika Birleşik Devletleri
5- Adıyaman Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi ABD, Adıyaman, Türkiye
6- Sanko Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi ABD, Gaziantep, Türkiye
Amaç: Kaçınılmaz bir biyolojik süreç olan yaşlanma, diğer doku ve organ sistemlerinde gözlenen değişikliklere benzer şekilde, thalamokortikal bağlantılarda bir azalmanın da dahil olabileceği thalamustaki yapısal değişikliklerle de ilişkilidir. Mevcut çalışmalar kafa içi oluşumlarının büyük bölümünün detaylı olarak incelendiğini öne çıkarsa da bilhassa thalamus çekirdeklerinin analiz edildiği çalışma sayısı sınırlı kalmıştır. Bu çalışmada amacımız, thalamus çekirdek hacimlerinin yaşlanma ile nasıl değiştiğini ve bu değişimin cinsiyete göre farklılık gösterip göstermediğini araştırmaktır.
Gereç ve Yöntem: 80 erkek, 147 kadın toplam 227 sağlıklı bireyin 1.5T’lik bir cihazdan T1-ağırlıklı MR görüntüleri üzerinde DeepThalamus yöntemiyle 13 talamik çekirdek grubu segmentasyonu yapıldı. Nörolojik hastalık öyküsü, beyin ve beyne ait yapılarda anomalileri olan ve psikiyatrik öyküsü olan bireyler, thalamus’un MR görüntülerinde artefakt ile görülemediği bireyler çalışmaya dahil edilmemiştir. Hacimler ile kronolojik yaş arasındaki ilişkiler Spearman korelasyon analizi ile değerlendirildi.
Bulgular: Yaşla birlikte en belirgin hacim kaybı pulvinar (PN), intralaminar çekirdekler (ISN) ve mediodorsal çekirdekte (MN) izlendi. Bu üç çekirdek grubu, tüm thalamik yapılar arasında yaşlanmaya karşı en yüksek duyarlılığı gösterdi (sırasıyla rho = -0,344, -0,344 ve -0,307; tümü için düzeltilmiş p < 0,001). Yaşa bağlı hacim azalması erkeklerde (özellikle CN, ISN, PN ve VPLN çekirdeklerinde) kadınlara göre daha fazla sayıda çekirdekte ve daha güçlü korelasyonlarla saptandı. Anterior ventral (VAN), lateral genikulat (LGN) ve medial genikulat (MGN) çekirdekler ise yaştan anlamlı düzeyde etkilenmedi.
Sonuç: Diencephalon’un önemli bir parçası olan thalamus’un tek bir yapı gibi yaşlanmadığı; özellikle yüksek düzey bilişsel işlevlerle ilişkili pulvinar ve mediodorsal çekirdeklerin yaşa bağlı hacim kaybına en duyarlı bölgeler olduğu tespit edilmiştir. Bu bulgular, thalamik nükleus düzeyinde yaşlanma biyobelirteçlerinin geliştirilmesine temel oluşturabilir.
Objective: Aging, an inevitable biological process, is associated with structural changes in the thalamus—including a potential reduction in thalamocortical connections—similar to the changes observed in other tissue and organ systems. While current studies highlight that a significant portion of intracranial structures has been examined in detail, the number of studies specifically analyzing thalamic nuclei remains limited. The aim of this study is to investigate how the volumes of thalamic nuclei change with aging and whether these changes differ by sex.
Materials and Methods: T1-weighted MRI images of 223 healthy individuals (75 men, 148 women) acquired using a 1.5T scanner were analyzed using the DeepThalamus method to segment 13 thalamic nucleus groups. Individuals with a history of neurological disease, abnormalities in the brain or brain structures, or a psychiatric history, as well as those in whom the thalamus was not visible due to artifacts in the MRI images, were excluded from the study. The relationships between volumes and chronological age were evaluated using Spearman’s correlation analysis.
Findings: The most pronounced volume loss with age was observed in the pulvinar (PN), intralaminar nuclei (ISN), and mediodorsal nucleus (MN). These three nucleus groups showed the highest sensitivity to aging among all thalamic structures (rho = −0.344, −0.344, and −0.307, respectively; adjusted p < 0.001 for all). Age-related volume reduction was detected in a greater number of nuclei and with stronger correlations in men (particularly in the CN, ISN, PN, and VPLN nuclei) compared to women. The anterior ventral (VAN), lateral geniculate (LGN), and medial geniculate (MGN) nuclei, however, were not significantly affected by age.
Conclusion: It has been found that the thalamus, a key component of the diencephalon, does not age as a single unit; specifically, the pulvinar and mediodorsal nuclei—which are associated with higher-level cognitive functions—are the regions most susceptible to age-related volume loss. These findings may provide a foundation for the development of biomarkers of aging at the thalamic nucleus level.
Sigara Kullanan Bireylerde Nucleus Accumbens’deki Morfolojik Değişikliklerin Manyetik Rezonans Görüntüleme ile Değerlendirilmesi
Amaç: Türk popülasyonunda, düzenli sigara içen bireylerde yaş, cinsiyet, sigara içim miktarı ve süresine bağlı olarak Nucleus accumbens'in hem mutlak hacmini, hem de normalize hacmini şimdiye dek kullanılmamış bir yöntem olan VolBrain yöntemi ile, ölçerek değerlendirmeyi amaçladık.
Gereç ve Yöntem: Bu retrospektif kesitsel çalışmaya 18–50 yaş aralığında toplam 200 birey dahil edilmiştir. Katılımcılar sigara içen (n=100) ve sigara içmeyen (n=100) bireyler olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Beyin cerrahisi/travma öyküsü, nörolojik/ psikiyatrik hastalık, aktif gebelik, alkol/madde bağımlılığı bulunan bireyler çalışma dışı bırakılmıştır. Çalışma grubu için, en az bir yıldır düzenli olarak her gün sigara içen bireyler dahil edilmiştir. Her iki grupta da 61 kadın ve 39 erkek yer almaktadır. NAc hacimleri, T1 ağırlıklı manyetik rezonans görüntülerinin VolBrain platformu kullanılarak otomatik segmentasyon yöntemi ile hesaplanmıştır. Elde edilen sonuçlar, SPSS programıyla istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.
Bulgular: Düzenli sigara içen bireylerde NAc hacim ortalamalarının sigara içmeyen bireylere kıyasla anlamlı derecede düşük olduğu saptanmıştır (p < 0,001). Sigara içen erkeklerde sağ ve sol NAc hacimlerinin, sigara içen kadınlara kıyasla anlamlı düzeyde daha yüksek olduğu belirlenmiştir (p < 0,05). Sigara kullanım süresi 1–5 yıl olan bireylerde, günlük sigara miktarındaki artış ile sol NAc mutlak ve normalize hacim değerlerinde anlamlı azalma saptanmıştır (p < 0,05). Sigara kullanım süresi 10 yıl ve üzeri olan bireylerde ise günlük sigara miktarındaki artış ile sağ ve sol NAc’in mutlak ve normalize hacimlerinde anlamlı azalma olduğu belirlenmiştir (p < 0,05). Buna karşın 6–9 yıl süreyle sigara içen bireylerde, günlük sigara tüketim miktarına göre NAc hacimlerinde istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır (p > 0,05).
Sonuç: Erken dönemde (1–5 yıl) özellikle sol NAc'in daha belirgin etkilendiği, uzun süreli ve yoğun kullanımda (≥10 yıl) ise bilateral hacimsel azalma geliştiği saptanmıştır. Bu sonuçlar, sigara kullanımının ödül sistemi ile ilişkili NAc üzerinde hacimsel değişikliklere yol açabileceğini göstermektedir.
Objective: In the Turkish population, we aimed to assess both the absolute and normalized volumes of the nucleus accumbens in regular smokers based on age, sex, smoking quantity, and duration using the VolBrain method, a technique that has not been used previously.
Materials and Methods: A total of 200 individuals aged 18–50 were included in this retrospective cross-sectional study. Participants were divided into two groups: smokers (n=100) and nonsmokers (n=100). Individuals with a history of brain surgery or trauma, neurological or psychiatric disorders, active pregnancy, or alcohol/substance dependence were excluded from the study. For the study group, individuals who had smoked regularly every day for at least one year were included. Both groups consisted of 61 women and 39 men. NAc volumes were calculated using an automatic segmentation method applied to T1-weighted magnetic resonance images via the VolBrain platform. The results were statistically analyzed using SPSS software.
Results: It was determined that the mean NAc volumes in regular smokers were significantly lower compared to non-smokers (p < 0.001). It was determined that the volumes of the right and left NAc in male smokers were significantly higher compared to female smokers (p < 0.05). In individuals with a smoking duration of 1–5 years, a significant decrease in the absolute and normalized volumes of the left NAc was observed with an increase in daily cigarette consumption (p < 0.05). In individuals with a smoking duration of 10 years or more, a significant decrease in the absolute and normalized volumes of the right and left NAc was observed with an increase in daily cigarette consumption (p < 0.05). In contrast, no statistically significant difference in NAc volumes was observed in individuals who had smoked for 6–9 years, regardless of daily cigarette consumption (p > 0.05).
Conclusion: It has been observed that the left NAc is particularly affected in the early stages (1–5 years), whereas bilateral volumetric reduction develops with long-term and heavy use (≥10 years). These findings suggest that smoking may lead to volumetric changes in the NAc, which is associated with the reward system.
Egzersizin Beyin Yaşlanması Üzerindeki Etkileri: MR Tabanlı Beyin Yaşı Analizi
2- Kastamonu Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi A.D., Kastamonu, Türkiye.
Amaç: Bu çalışmanın amacı, egzersizin fiziksel ve psikolojik etkilerinin, fiziksel yönden aktif ve pasif bireyler arasındaki beyin yaş farkını karşılaştırarak beyin yaşlanma süreci üzerindeki etkilerini ortaya koymaktır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmamız 18 ile 68 yaş arasında değişen (ort. 31,08) 38 kişilik aktif grup ve 18 ile 61 yaş arasında değişen (ort. 35,42) 19 kişilik pasif gruptan oluşmaktadır. Aktif grup kendi alanlarında en az 3 gün antrenman yapan sporcularından, pasif grup ise herhangi bir spor faaliyetinde bulunmayan sağlıklı bireylerden oluşmaktadır. Katılımcıların tamamen anonimleştirilmiş 1mm kesit kalınlığındaki T1 ağırlıklı MPRAGE sekansındaki sagittal görüntüleri ile yapay zeka destekli ve açık erişimi bulunan volBrain platformu kullanılarak beyin yaşı tahminlemesi yapılmıştır. Gruplar arası toplam beyin yaş farkı, lobus frontalis, gyrus precentralis ve postcentralis, nuclei basalis ve hipocampus yaş farkı değerlendirilmiştir.
Bulgular: Egzersiz yapan (n=38) ve yapmayan (n=19) gruplar karşılaştırıldığında, Levene testine göre varyanslar eşit olmadığı için ‘Equal variances not assumed’ sonuçları kullanılmıştır. Değerlendirmeye alınan tüm bölgelerde aktif grubun beyin yaşı pasif gruba göre anlamlı şekilde daha düşük bulunmuştur (t değerleri –3.85 ile –6.90 arasında; tüm p < 0.001). Ortalama yaş farkının aktif grupta düşük olması egzersizin beyin sağlığı açısından koruyucu bir etki gösterdiğini düşündürmektedir.
Sonuç: MR görüntü analizi sonucunda hareketli grubun incelen tüm beyin bölümlerinde hareketsiz gruba göre anlamlı bir fark olduğu tespit edildi. Bu çalışma Alzheimer, Parkinson gibi nörodejenaratif hastalıklardan korunmaya yönelik tıp ve halk sağlığı çalışmalarına yardımcı olabilir niteliktedir.
Objectives: This study aims to reveal the physical and psychological effects of exercise on brain aging by comparing brain age differences between physically active and inactive individuals.
Materials and Methods: Our study consisted of an active group of 38 individuals aged 18-68 (mean 31.08) and a passive group of 19 individuals aged 18-61 (mean 35.42). The active group comprised athletes who trained at least 3 days a week in their respective fields, while the passive group consisted of healthy individuals who did not participate in any sports. Brain age estimation was performed using fully anonymized T1-weighted MPRAGE images with 1 mm slice thickness from the AI-powered, open-access volBrain platform. The total brain age difference between the groups, as well as the age differences of the frontal lobe, precentral and postcentral gyrus, basal nucleus, and hippocampus, were evaluated.
Results: When comparing the exercising (n=38) and non-exercising (n=19) groups, the Levene test indicated unequal variances; the "Equal variances not assumed" option was used. In all regions evaluated, the brain age of the active group was found to be significantly lower than that of the passive group (t-values ranged from -3.85 to -6.90; all p < 0.001). The lower mean age difference in the active group suggests that exercise has a protective effect on brain health.
Conclusion: MRI image analysis revealed a significant difference in all brain regions examined between the immobilized and immobilized groups. This study has the potential to contribute to medical and public health efforts aimed at preventing neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and Parkinson's.
Yapısal Manyetik Rezonans Görüntüleme Kullanılarak Otizmde Yüzey Temelli Kortikal Kalınlık Analizi
2- Department of Bioengineering, Faculty of Chemical and Metallurgical Engineering, Yildiz Technical University, Istanbul, Turkey.
Amaç: Otizm Spektrum Bozukluğu (OSB), karmaşık ve heterojen beyin anatomisi değişiklikleri ile karakterize edilen bir nörogelişimsel durumdur. Bu çalışma, yapısal manyetik rezonans görüntüleme (sMRG) tekniğini kullanarak OSB'li bireyleri nörotipik kontrollerden ayırt edebilen nöroanatomik belirteçlerin belirlenmesi ve kortikal kalınlık farklılıklarının incelenmesi amacıyla tasarlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Yıldız Teknik Üniversitesi ile Harvard Tıp Fakültesi bünyesindeki Athinoula A. Martinos Biyomedikal Görüntüleme Merkezi iş birliğiyle yürütülen bu çalışmada, 166 katılımcıdan (OSB tanılı bireyler ve yaş uyumlu kontroller) retrospektif olarak toplanan T1-ağırlıklı MRG verileri analiz edilmiştir. Kortikal kalınlık ölçümleri; ak madde ile pial yüzey arasındaki mesafenin değerlendirilmesi amacıyla FreeSurfer otomatik morfometri analiz hattı kullanılarak elde edilmiştir. Gruplar arası farklılıklar, yaşın kovaryant olarak dahil edildiği genel doğrusal modeller (GLM) ile analiz edilmiştir.
Bulgular: Küme bazlı (cluster-wise) analizler; isthmus singulat, insula, lateral orbitofrontal, lateral oksipital, postcentral ve inferior temporal bölgelerde anlamlı kortikal kalınlık farklılıkları olduğunu göstermiştir. İstatistiksel güvenilirliği artırmak amacıyla çoklu karşılaştırma düzeltmeleri uygulanmıştır. Hem permütasyon testleri hem de Monte Carlo simülasyonları; özellikle lateral oksipital ve inferior temporal bölgelerde tutarlı ve anlamlı farklılıklar ortaya koymuştur (p<0.05). Bu bulgular, üst düzey görsel işleme ile ilişkili kortikal alanlardaki değişimlerin OSB'nin nöroanatomik profilinin belirgin bileşenleri olabileceğini düşündürmektedir.
Sonuç: Yüzey temelli morfometrik analizlere dayanan kortikal kalınlık ölçümleri, OSB'deki nöroanatomik farklılıkların saptanmasında duyarlı bir yaklaşım sunmaktadır. Lateral oksipital ve inferior temporal kortekste gözlenen bulguların, ileri istatistiksel doğrulama yöntemleriyle tutarlı biçimde desteklenmesi, OSB'nin yapısal temellerinin anlaşılmasında hesaplamalı nörogörüntüleme yaklaşımlarının önemini ortaya koymaktadır.
Objectives: Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental condition characterized by complex and heterogeneous alterations in brain anatomy. This study aimed to investigate variations in cortical thickness using structural magnetic resonance imaging (sMRI) to identify neuroanatomical markers that distinguish individuals with ASD from neurotypical controls.
Materials and Methods: Retrospectively collected T1-weighted MRI data from 166 participants (individuals with ASD and age-matched controls) were analyzed in collaboration with Yildiz Technical University and the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging at Harvard Medical School. Cortical thickness measurements were obtained using the FreeSurfer automated morphometry pipeline, which estimates the distance between the white matter and pial surfaces. Group differences were assessed using general linear models (GLMs), with age included as a covariate.
Results: Cluster-wise analyses revealed significant cortical thickness differences in the isthmus cingulate, insula, lateral orbitofrontal, lateral occipital, postcentral, and inferior temporal regions. To ensure statistical robustness, correlations for multiple comparisons were applied. Both permutation testing and Monte Carlo simulations consistently identified significant differences in the lateral occipital and inferior temporal regions (p<0.05). These findings suggest that alterations in regions associated with high-level visual processing are prominent features of the neuroanatomical profile of ASD.
Conclusion: Cortical thickness analysis based on surface morphometry is a sensitive approach for detecting neuroanatomical differences in ASD. The convergence of findings in the lateral occipital and inferior temporal cortices, supported by rigorous statistical validation, underscores the value of advanced computational neuroimaging methods in elucidating the structural basis of ASD.
Beyin ile İlgili Talamus, Globus Pallidus, Gri Cevher ve Korteks Kalınlıklarının VolBrain ve FreeSurfer ile 5T, 3T ve 1,5T Hacim Sonuçlarının Karşılaştırılması
Amaç: Nörogörüntülemede manyetik alan şiddetinin (1.5T, 3T, 5T) ve kesit kalınlığının, otomatik segmentasyon yazılımlarının doğruluğu üzerindeki etkisi kritik bir tartışma konusudur. Bu çalışmanın amacı, Volbrain ve FreeSurfer yazılımlarının farklı Tesla güçlerinde ve 0.7mm kesit kalınlığında sunduğu hacimsel verilerin tutarlılığını karşılaştırmaktır. Özellikle kortikal kalınlık ve sınırları düşük kontrastlı olan Globus Pallidus, Talamus gibi subkortikal yapıların, manyetik alan şiddeti arttıkça yazılımsal segmentasyon performansında sergilediği değişimlerin incelenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamız ön rapor niteliğindedir.
Gereç ve Yöntem: Çalışmada 55 yaşında bir kadın ve 39 yaşında bir erkek sağlıklı gönüllüden elde edilen veriler kullanılmıştır. Görüntüleme protokolü, her iki denek için 1.5T, 3T ve 5T manyetik rezonans (MR) cihazlarında, 0.7mm kesit kalınlığına sahip T1-ağırlıklı sagital sekansları içermektedir. Elde edilen ham DICOM verileri; genel beyin hacmi ve kortikal kalınlık analizi için FreeSurfer (v7.3), subkortikal yapıların spesifik parselasyonu için ise Volbrain otomatik segmentasyon ardışık düzeniyle işlenmiştir. Analizlerde yazılımların Tesla gücüne bağlı olarak hacimsel değişim oranları ve algoritmik sapma payları karşılaştırılmıştır.
Bulgular: Kortikal Gri Madde (FreeSurfer): Kadın denekte 5T kullanımı, 1.5T’ye oranla toplam kortikal gri madde hacminde yaklaşık %8.7’lik bir artış (460.76 -> 501.16 mm³) ortaya koymuştur. Erkek denekte de benzer şekilde 1.5T (540.74 mm³) ile 5T (559.53 mm³) arasında belirgin bir hacimsel artış saptanmıştır.
Sonuç: Çalışma bulguları, 5T MR cihazlarının sunduğu yüksek sinyal-gürültü oranının ve 0.7mm kesit kalınlığının, hem FreeSurfer hem de Volbrain algoritmalarının sınır belirleme kapasitesini artırdığını kanıtlamaktadır. 1.5T cihazlarda subkortikal yapılar yazılım tarafından daha küçük hesaplanma eğilimindeyken, 5T ultra yüksek alan gücünde anatomik gerçekliğe en yakın sonuçlar elde edilmektedir. Bu durum, hassas beyin haritalama çalışmalarında 5T verilerinin kullanımının yazılımsal varyansı düşürdüğünü ve güvenilirliği maksimize ettiğini göstermektedir.
Objective: The effect of magnetic field strength (1.5T, 3T, 5T) and slice thickness on the accuracy of automated segmentation software in neuroimaging is a critical topic of discussion. The aim of this study is to compare the consistency of volumetric data provided by Volbrain and FreeSurfer software at different Tesla strengths and 0.7 mm slice thickness. Specifically, the study aims to examine the changes in software segmentation performance as magnetic field strength increases for subcortical structures such as the Globus Pallidus and Thalamus, which have low cortical thickness and low-contrast boundaries. This study is a preliminary report.
Materials and Methods: Data obtained from a 55-year-old female and a 39-year-old male healthy volunteer were used in the study. The imaging protocol for both subjects included T1-weighted sagittal sequences with 0.7 mm slice thickness on 1.5T, 3T, and 5T magnetic resonance (MR) devices. The obtained raw DICOM data were processed using FreeSurfer (v7.3) for general brain volume and cortical thickness analysis, and Volbrain automated segmentation pipeline for specific parcellation of subcortical structures. In the analyses, volumetric change rates and algorithmic deviation margins were compared depending on the Tesla power of the software.
Findings: Cortical Gray Matter (FreeSurfer): In the female subject, 5T use resulted in approximately an 8.7% increase in total cortical gray matter volume compared to 1.5T (460.76 -> 501.16 mm³). Similarly, a significant increase in volume was observed in the male subject between 1.5T (540.74 mm³) and 5T (559.53 mm³).
Conclusion: The study findings demonstrate that the high signal-to-noise ratio and 0.7 mm slice thickness offered by 5T MR devices increase the boundary determination capacity of both FreeSurfer and Volbrain algorithms. While subcortical structures tend to be calculated smaller by the software in 1.5T devices, the closest results to anatomical reality are obtained at 5T ultra-high field power. This shows that the use of 5T data in precise brain mapping studies reduces software variance and maximizes reliability.
Dikkat Eksikliği ve Hiperaktivite Bozukluğunda Bazal Ganglia ve Beyin Sapı Volumetrik Analizi
2- Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, Radyoloji Ana Bilim Dalı, Eskişehir, Türkiye
Amaç: Dikkat Eksikliği ve Hiperaktivite Bozukluğu (DEHB) sık görülen nörogelişimsel bir bozukluktur. Bu çalışmada, DEHB hastaları ile sağlıklı kontrollerin bazal ganglia ve beyin sapı yapılarının hacimsel/asimetrik farklarının incelenmesi; bu ölçümlerin semptom şiddeti ile ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır
Gereç ve Yöntem: Çalışmada "DEHB-200 Küresel Yarışma ve Veri Paylaşım Konsorsiyumu Örneklemi" veri setinden 34 DEHB tanılı ve 31 kontrolün (yaşları sırasıyla; 11,03±2,44; 9,77±2,11) T1-ağırlıklı manyetik rezonans görüntüleme verileri kullanılmıştır. Görüntüler FastSurfer algoritması ve FreeSurfer Brainstem modülü ile segmente edilmiştir. GPU hızlandırmalı derin öğrenme tabanlı bu yöntemle bazal ganglia (kaudat nükleus, putamen, globus pallidus) ve beyin sapı yapılarının (medulla, pons, süperior serebellar pedinkül, midbrain) otomatik olarak hacim verileri elde edilmiştir. Veriler toplam kafa içi hacmine göre normalize edilmiştir. Hacim asimetrisi için [Asimetri İndeksi = (Sağ - Sol) / (Sağ + Sol)] her bir bazal çekirdek için asimetri indeksi (Aİ) hesaplanmıştır. Gruplar arası karşılaştırmalar yaş, cinsiyet ve el tercihi kovaryant olarak eklenerek ANCOVA ile yapılmıştır. Semptom şiddeti ve hacimlerin ilişki korelasyon ile analiz edilmiştir.
Bulgular: Gruplar arasında bazal ganglia ve beyin sapı yapılarının normalize hacimleri ve Aİ açısından anlamlı bir fark saptanmamıştır (p > 0.05). Modellerde yaşın kaudat (p=0,016) ve pons (p=0,002) hacimleri üzerinde anlamlı etkisi izlenmiştir. DEHB grubu içerisinde yapılan analizlerde, dürtüsellik semptom şiddeti ile bilateral putamen hacmi arasında anlamlı korelasyon saptanmıştır (Sağ: r=0,390, p=0,030; Sol: r=0,360, p=0,047). Dikkat eksikliği puanları ile sağ kaudat hacmi arasında sınırda anlamlı bir ilişki izlenmiştir (r=0,355, p=0,050).
Sonuç: Çalışmamız, DEHB'de subkortikal yapıların hacimsel farklarından ziyade, semptom şiddetinin yapısal özelliklerle boyutsal olarak orta düzeyde ilişkili olduğunu göstermektedir. Grup düzeyinde fark izlenmemesi, beyin plastisitesine ve DEHB-200 veri setinin çok merkezli yapısından kaynaklanan tarayıcıların çeşitliliği gibi sınırlılıklara bağlı olabilir. Putamen hacminin dürtüsellik ile pozitif ilişkisi, bu yapının motor kontrol döngülerindeki patofizyolojik rolünü desteklemektedir.
Objective: ADHD is a common neurodevelopmental disorder. This study aimed to investigate volumetric/asymmetric differences in basal ganglia and brainstem structures between ADHD patients and healthy controls and to determine their relationship with symptom severity.
Materials and Methods: Structural T1-weighted MRI data from 34 ADHD patients and 31 controls (ages: 11.03±2.44 and 9.77±2.11, respectively) from "The ADHD-200 Global Competition and Data-Sharing Consortium Sample" dataset were utilized. Images were segmented using FastSurfer and FreeSurfer Brainstem modules. Volumetric data for basal ganglia (caudate, putamen, globus pallidus) and brainstem (medulla, pons, superior cerebellar peduncle, midbrain) were automatically obtained via this GPU-accelerated deep learning method. Data were normalized to total intracranial volume. An asymmetry index [AI = (Right-Left)/(Right+Left)] was calculated for each basal nucleus. Intergroup comparisons were performed via ANCOVA with age, sex, and handedness as covariates. Symptom severity and volume relationships were analyzed via correlation.
Results: No significant differences were found between groups regarding normalized volumes or AI (p>0.05). Age had a significant effect on caudate (p=0.016) and pons (p=0.002) volumes. Within the ADHD group, a significant correlation was detected between impulsivity severity and bilateral putamen volume (Right: r=0.390, p=0.030; Left: r=0.360, p=0.047). A borderline significant relationship was observed between inattention scores and right caudate volume (r=0.355, p=0.050).
Conclusion: Our study suggests that symptom severity in ADHD is dimensionally related to structural characteristics at a moderate level, rather than gross volumetric differences. Lack of group-level differences may be attributed to brain plasticity and limitations such as scanner diversity in the multi-center ADHD-200 dataset. The positive correlation between putamen volume and impulsivity supports its pathophysiological role in motor control loops.
Difüzyon Tensor Görüntüleme Temelli Renk Kodlu Beyaz Cevher Haritalarında Yapay Zeka Modellerinin Anatomik Doğruluğu ve Zamansal Tutarlılığı
Amaç: Yapay zeka tabanlı büyük dil modellerinin difüzyon tensor görüntüleme (DTG) ile oluşturulan renk kodlu haritalarda (RKH) beyin beyaz cevher yolaklarını anatomik olarak tanımlamadaki doğruluğu ve zamansal tutarlılığı yeterince bilinmemektedir. Bu çalışmada, Gemini 3.5 Flash ve ChatGPT5.5’in aynı nöroanatomi sorularına 24 saat arayla verdiği yanıtların doğruluğunun ve zamansal tutarlılığının değerlendirilmesi amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Çalışmada koronal, sagittal ve aksiyel DTG–RKH kesitsel görüntülerinden oluşan toplam 20 soru kullanıldı. İncelenen beyaz cevher yapıları; assosiasyon lifleri kapsamında fasciculus longitudinalis superior, fasciculus frontooccipitalis inferior, fasciculus longitudinalis inferior ve cingulum; projeksiyon lifleri kapsamında capsula interna, corona radiata ve fornix; komissüral lifler kapsamında corpus callosum, commissura anterior ve commissura posterior olarak sınıflandırıldı. Aynı sorular Gemini ve ChatGPT tarafından 24 saat arayla yanıtlandı. Anatomik doğruluk; 0=yanlış, 2,5=kısmi doğru ve 5=tam doğru olacak şekilde üç düzeyli sıralı puanlama sistemi ile değerlendirildi. Zamansal tutarlılıktaki değişim Wilcoxon signed-rank testi, sistemler arası karşılaştırmalar Mann–Whitney U testi ve tam doğru yanıt oranlarındaki değişim McNemar exact testi ile analiz edildi.
Bulgular: Gemini’de puan temelli doğruluk oranı %70’den %52,5’e düşerken, ChatGPT’de %50’den %57,5’e yükseldi. Gemini’de 24 saat içinde anatomik performansta azalma yönünde bir eğilim gözlenmiş olmakla birlikte bu değişim istatistiksel anlamlılığa ulaşmadı (p=0,066; r=0,82). ChatGPT’de ise 24 saatlik süreçte anatomik performansta anlamlı değişim saptanmadı (p=0,453). Başlangıç değerlendirmesinde Gemini daha yüksek doğruluk göstermesine rağmen sistemler arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı değildi (p=0,132). Yirmi dört saat sonraki değerlendirmede de sistemler arasında anlamlı farklılık izlenmedi (p=0,752).
Sonuç: Gemini ve ChatGPT’nin DTG temelli renk kodlu haritalarda beyaz cevher yolaklarının tanımlanmasında belirli düzeyde zamansal değişkenlik gösterebildiği, ancak gözlenen değişimlerin istatistiksel anlamlılığa ulaşmadığı saptanmıştır. Bulgular, yapay zeka destekli nöroanatomi eğitiminde ve klinik karar destek süreçlerinde yanıtların tekrarlanabilirliği, zamansal kararlılığı ve güvenilirliğinin dikkate alınması gerektiğini ortaya koymaktadır.
Objectives: The accuracy and temporal consistency of artificial intelligence–based large language models in anatomically identifying brain white matter pathways on diffusion tensor imaging (DTI)-generated color-coded maps (CCMs) remain insufficiently understood. This study aimed to evaluate the accuracy and temporal consistency of Gemini 3.5 Flash and ChatGPT 5.5 in answering the same neuroanatomy questions at a 24-hour interval.
Materials and Methods: A total of 20 coronal, sagittal, and axial DTI-based CCM sectional images were used. Evaluated white matter structures included association fibers (superior longitudinal fasciculus, inferior fronto-occipital fasciculus, inferior longitudinal fasciculus, and cingulum), projection fibers (internal capsule, corona radiata, and fornix), and commissural fibers (corpus callosum, anterior commissure, and posterior commissure). The same questions were answered by Gemini and ChatGPT at baseline and after 24 hours. Anatomical accuracy was assessed using a three-level ordinal scoring system (0= incorrect, 2.5= partially correct, 5 = completely correct). Temporal consistency, inter-system comparisons, and changes in completely correct response rates were statistically analyzed.
Results: The score-based accuracy rate decreased from 70.0% to 52.5% in Gemini, whereas it increased from 50.0% to 57.5% in ChatGPT. Although Gemini showed a trend toward decreased anatomical performance over 24 hours, this change was not statistically significant (p = 0.066; r = 0.82). No significant temporal change was observed in ChatGPT (p = 0.453). Despite higher baseline accuracy in Gemini, no statistically significant difference was found between the systems at baseline (p = 0.132) or after 24 hours (p = 0.752).
Conclusion: Gemini and ChatGPT demonstrated temporal variability in identifying white matter pathways on DTI-based CCMs; however, the observed changes did not reach statistical significance. These findings emphasize the importance of reproducibility, temporal stability, and reliability of AI-generated responses in neuroanatomy education and clinical decision-support settings.