Merkez bünyesinde, Sosyal Bilimler Enstitüsüne bağlı İnsan Hakları Anabilim Dalı çerçevesinde 2008 yılından beri tezli ve tezsiz olarak İnsan Hakları Yüksek Lisans Programı yürütülmektedir. Bu programın özelliği, merkezinde felsefe ve etiğin bulunduğu disiplinlerarası bir program olmasıdır.
Programın genel amacı, herkesten önce insan haklarını korumaları beklenen kişileri –başta güvenlik kuvvetleri olmak üzere bütün kamu görevlilerini, parlamento üyelerini, hakim ve savcıları, sosyal hizmet uzmanlarını- insan haklarının kavramsal bilgisiyle donatmak ve sorunlu durumlarda eylemde bulunurken, insan haklarının gerektirdiklerini bulabilecek duruma gelmelerine yardımcı olmaktır. Çünkü bu iki bilgi, insan haklarının yaşamda korunabilmesinin ana koşullarındandır.