KURS 1: OpenMAP-T1 ile Beyin MR T1 Görüntülerde Derin Öğrenme Algoritmalar Kullanarak Hacim Hesaplama
Tarih: 5 Haziran 2026
|
Saat |
Oturum |
|
13:00 – 14:00 |
Tanışma, Anaconda kurulumu, programların kurulumu ve kontrolü |
|
14:00 –15.00 |
Open_MAP_T1 tanıtımı, modellerin tanıtılması ve uygulama |
|
15:00 – 15:30 |
Ara |
|
15:30 – 17:00 |
Uygulama |
Genel Bilgiler
MR T1 görüntüleme klinikte rutin olarak yapılmaktadır. Bu çekimlerin bazıları ise volumetrik olup değişik sekanslarda yapılmaktadır. Günümüzde farklı yazılımlar kullanılarak beyinle ilgili yapıların hacimleri ölçülmektedir. Bu yazılımların bazıları otomatik bazıları ise yarı otomatiktir. OpenMAP-T1 de bu uygulamalardan birisi olup MR T1 görüntülerde otomatik segmentasyon yapar. Bu kursta otomatik olarak kullanılan ve bilimsel geçerliliği tüm dünyada kabul görmüş OpenMAP-T1 Segmentation ile derin öğrenme algoritmaları kullanılarak beyinle ilgili 280 yapının parselasyon haritaları elde edilecektir. Konu ile ilgili olanlara da gerekli programların kurulumu sağlanacaktır (github sitesinden klonlama, model dosyaları ve kod ile çalıştırma işlemi gösterilecektir).
Bunun için mricloud web adresine (https://braingps.mricloud.org/openmap-t1) girilerek önce kayıt oluşturulacaktır. Python, anaconda programları ile de MR-T1 görüntüsünün nasıl çalıştığı gösterilecektir. Buradan indirilen sonuçlar ITKSnap ile üç boyutlu görüntülenecek ve kayıt edilecektir. Kursa katılan katılımcılar, hacim sonuçlarını elde edecek ve ITKSnap ile de üç boyutlu görüntüleyebileceklerdir.
Konu ile ilgili bu sistem kullanılarak beyinle ilgili tüm hastalıklarda beyin içerisindeki yapıların hacimlerinin değişip değişmediğini göstermek için tez, yayın ve proje yapılabilir.
Kurs Eğitmenleri
Doç. Dr. Nihal Gürlek Çelik