T.C. Maltepe Üniversitesi’nde öğrenim gören öğrenciler, bazı derslerden belirli yönetmelikler çerçevesinde muaf olabilirler. Başka bir kurumda alınan dersin içeriğinin, Maltepe Üniversitesi’nde verilen dersin içeriğine uygun olması ve ilgili Enstitü Müdürlüğü tarafından onaylanması durumunda, öğrenci bu dersten muaf tutulabilir.